diff --git a/.test/config/config.yml b/.test/config/config.yml index 2287ae7..88685e9 100644 --- a/.test/config/config.yml +++ b/.test/config/config.yml @@ -2,8 +2,9 @@ samplesheet: "config/samples.csv" tool: ["prokka"] reference: - fasta: "" - gff: "" + fasta: "data/ref_genome.fasta" + gff: "data/ref_genome.gff" + name: "Ref Genome" pgap: bin: "path/to/pgap.py" @@ -34,6 +35,18 @@ fastani: skip: False extra: "" +checkm: + skip: True + existing_db: "" + extra: "" + rgi: skip: False extra: "--clean --alignment_tool DIAMOND" + +synteny: + skip: False + divergence: 1 + extra: "" + viz_scale: "1e6" + viz_extra: "--normalize" diff --git a/.test/data/ref_genome.fasta b/.test/data/ref_genome.fasta new file mode 100644 index 0000000..99ed5af --- /dev/null +++ b/.test/data/ref_genome.fasta @@ -0,0 +1,22874 @@ +>NZ_LR130236.1 Streptococcus pyogenes strain 5448 isolate 5448 chromosome 1 +ATGACTGAAAATGAACAAATTTTTTGGAACAGGGTCTTGGAATTAGCTCAGAGTCAATTAAAACAGGCAACTTATGAATT 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ID=gene-SPY_000052;Name=SPY_000052;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000052 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 44007 45650 . + 0 ID=cds-SPY_000052;Parent=gene-SPY_000052;Name=extdb:SPY_000052;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010921779.1;locus_tag=SPY_000052;product=AIPR family protein;protein_id=extdb:SPY_000052;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 45668 46960 . + . 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ID=gene-SPY_000056;Name=ruvB;gbkey=Gene;gene=ruvB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000056 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 48229 49227 . + 0 ID=cds-SPY_000056;Parent=gene-SPY_000056;Name=extdb:SPY_000056;Ontology_term=GO:0006281,GO:0006310,GO:0003677,GO:0005524,GO:0009378;gbkey=CDS;gene=ruvB;go_function=DNA binding|0003677||IEA,ATP binding|0005524||IEA,four-way junction helicase activity|0009378||IEA;go_process=DNA repair|0006281||IEA,DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_023079556.1;locus_tag=SPY_000056;product=Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB;protein_id=extdb:SPY_000056;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 49365 49802 . + . ID=gene-SPY_000057;Name=SPY_000057;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000057 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 49365 49802 . + 0 ID=cds-SPY_000057;Parent=gene-SPY_000057;Name=extdb:SPY_000057;Ontology_term=GO:0006470,GO:0004725;gbkey=CDS;go_function=protein tyrosine phosphatase activity|0004725||IEA;go_process=protein dephosphorylation|0006470||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002994668.1;locus_tag=SPY_000057;product=low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase;protein_id=extdb:SPY_000057;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 49825 50226 . + . ID=gene-SPY_000058;Name=SPY_000058;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000058 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 49825 50226 . + 0 ID=cds-SPY_000058;Parent=gene-SPY_000058;Name=extdb:SPY_000058;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002986671.1;locus_tag=SPY_000058;product=MORN repeat-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000058;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 50223 51998 . + . ID=gene-SPY_000059;Name=SPY_000059;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000059 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 50223 51998 . + 0 ID=cds-SPY_000059;Parent=gene-SPY_000059;Name=extdb:SPY_000059;Ontology_term=GO:0016747;gbkey=CDS;go_function=acyltransferase activity%2C transferring groups other than amino-acyl groups|0016747||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010921782.1;locus_tag=SPY_000059;product=acyltransferase family protein;protein_id=extdb:SPY_000059;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 52307 54949 . + . 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ID=gene-SPY_000061;Name=adhP;gbkey=Gene;gene=adhP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000061 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 55201 56217 . + 0 ID=cds-SPY_000061;Parent=gene-SPY_000061;Name=extdb:SPY_000061;gbkey=CDS;gene=adhP;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011017243.1;locus_tag=SPY_000061;product=alcohol dehydrogenase AdhP;protein_id=extdb:SPY_000061;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 56605 57897 . + . ID=gene-SPY_000062;Name=SPY_000062;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000062 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 56605 57897 . + 0 ID=cds-SPY_000062;Parent=gene-SPY_000062;Name=extdb:SPY_000062;Ontology_term=GO:0055085,GO:0015297,GO:0042910,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=antiporter activity|0015297||IEA,xenobiotic transmembrane transporter activity|0042910||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014635223.1;locus_tag=SPY_000062;product=MATE family efflux transporter;protein_id=extdb:SPY_000062;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 58098 58406 . + . ID=gene-SPY_000063;Name=rpsJ;gbkey=Gene;gene=rpsJ;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000063 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 58098 58406 . + 0 ID=cds-SPY_000063;Parent=gene-SPY_000063;Name=extdb:SPY_000063;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003723,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsJ;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=RNA binding|0003723||IEA,structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003046044.1;locus_tag=SPY_000063;product=30S ribosomal protein S10;protein_id=extdb:SPY_000063;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 58622 59248 . + . ID=gene-SPY_000064;Name=rplC;gbkey=Gene;gene=rplC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000064 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 58622 59248 . + 0 ID=cds-SPY_000064;Parent=gene-SPY_000064;Name=extdb:SPY_000064;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rplC;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002986659.1;locus_tag=SPY_000064;product=50S ribosomal protein L3;protein_id=extdb:SPY_000064;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 59272 59895 . + . ID=gene-SPY_000065;Name=rplD;gbkey=Gene;gene=rplD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000065 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 59272 59895 . + 0 ID=cds-SPY_000065;Parent=gene-SPY_000065;Name=extdb:SPY_000065;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0022625;gbkey=CDS;gene=rplD;go_component=cytosolic large ribosomal subunit|0022625||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012677212.1;locus_tag=SPY_000065;product=50S ribosomal protein L4;protein_id=extdb:SPY_000065;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 59895 60191 . + . 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ID=gene-SPY_000159;Name=SPY_000159;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000159 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 130979 131458 . + 0 ID=cds-SPY_000159;Parent=gene-SPY_000159;Name=extdb:SPY_000159;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002993834.1;locus_tag=SPY_000159;product=V-type ATP synthase subunit K;protein_id=extdb:SPY_000159;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 131526 132110 . + . ID=gene-SPY_000160;Name=SPY_000160;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000160 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 131526 132110 . + 0 ID=cds-SPY_000160;Parent=gene-SPY_000160;Name=extdb:SPY_000160;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002986431.1;locus_tag=SPY_000160;product=ATPase V;protein_id=extdb:SPY_000160;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 132126 133124 . + . 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ID=gene-SPY_000239;Name=ska;gbkey=Gene;gene=ska;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000239 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 217934 219256 . - 0 ID=cds-SPY_000239;Parent=gene-SPY_000239;Name=extdb:SPY_000239;gbkey=CDS;gene=ska;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922690.1;locus_tag=SPY_000239;product=streptokinase;protein_id=extdb:SPY_000239;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 219616 220464 . + . ID=gene-SPY_000240;Name=SPY_000240;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000240 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 219616 220464 . + 0 ID=cds-SPY_000240;Parent=gene-SPY_000240;Name=extdb:SPY_000240;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011055028.1;locus_tag=SPY_000240;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000240;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 220762 221895 . + . 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ID=gene-SPY_000261;Name=pnp;gbkey=Gene;gene=pnp;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000261 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 246168 248300 . + 0 ID=cds-SPY_000261;Parent=gene-SPY_000261;Name=extdb:SPY_000261;Ontology_term=GO:0006402,GO:0003723,GO:0004654;gbkey=CDS;gene=pnp;go_function=RNA binding|0003723||IEA,polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity|0004654||IEA;go_process=mRNA catabolic process|0006402||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_018366801.1;locus_tag=SPY_000261;product=polyribonucleotide nucleotidyltransferase;protein_id=extdb:SPY_000261;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 248293 249045 . + . ID=gene-SPY_000262;Name=SPY_000262;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000262 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 248293 249045 . + 0 ID=cds-SPY_000262;Parent=gene-SPY_000262;Name=extdb:SPY_000262;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011285184.1;locus_tag=SPY_000262;product=SseB family protein;protein_id=extdb:SPY_000262;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 249054 249635 . + . ID=gene-SPY_000263;Name=cysE;gbkey=Gene;gene=cysE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000263 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 249054 249635 . + 0 ID=cds-SPY_000263;Parent=gene-SPY_000263;Name=extdb:SPY_000263;Ontology_term=GO:0006535,GO:0009001,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=cysE;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=serine O-acetyltransferase activity|0009001||IEA;go_process=cysteine biosynthetic process from serine|0006535||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922671.1;locus_tag=SPY_000263;product=serine O-acetyltransferase;protein_id=extdb:SPY_000263;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 250114 250344 . + . 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ID=gene-SPY_000335;Name=murC;gbkey=Gene;gene=murC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000335 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 321375 322703 . + 0 ID=cds-SPY_000335;Parent=gene-SPY_000335;Name=extdb:SPY_000335;Ontology_term=GO:0009252,GO:0008763;gbkey=CDS;gene=murC;go_function=UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity|0008763||IEA;go_process=peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_018363778.1;locus_tag=SPY_000335;product=UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase;protein_id=extdb:SPY_000335;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 322749 323231 . + . 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ID=gene-SPY_000337;Name=mltG;gbkey=Gene;gene=mltG;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000337 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 323343 324917 . + 0 ID=cds-SPY_000337;Parent=gene-SPY_000337;Name=extdb:SPY_000337;Ontology_term=GO:0009252,GO:0071555,GO:0008932;gbkey=CDS;gene=mltG;go_function=lytic endotransglycosylase activity|0008932||IEA;go_process=peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA,cell wall organization|0071555||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009880404.1;locus_tag=SPY_000337;product=endolytic transglycosylase MltG;protein_id=extdb:SPY_000337;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 324990 325472 . + . 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ID=gene-SPY_000541;Name=SPY_000541;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000541 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 519237 521918 . + 0 ID=cds-SPY_000541;Parent=gene-SPY_000541;Name=extdb:SPY_000541;Ontology_term=GO:0005524,GO:0015662,GO:0016887,GO:0019829,GO:0046872,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,P-type ion transporter activity|0015662||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity|0019829||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922034.1;locus_tag=SPY_000541;product=cation-translocating P-type ATPase;protein_id=extdb:SPY_000541;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 522002 522997 . - . 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ID=gene-SPY_000557;Name=ftsX;gbkey=Gene;gene=ftsX;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000557 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 536923 537852 . + 0 ID=cds-SPY_000557;Parent=gene-SPY_000557;Name=extdb:SPY_000557;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;gene=ftsX;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002990498.1;locus_tag=SPY_000557;product=permease-like cell division protein FtsX;protein_id=extdb:SPY_000557;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 538162 538797 . - . 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ID=gene-SPY_000561;Name=SPY_000561;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000561 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 542736 543929 . + 0 ID=cds-SPY_000561;Parent=gene-SPY_000561;Name=extdb:SPY_000561;Ontology_term=GO:0009058,GO:0008483,GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=transaminase activity|0008483||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=biosynthetic process|0009058||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_000221826.1;locus_tag=SPY_000561;product=pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase;protein_id=extdb:SPY_000561;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 543950 545296 . + . ID=gene-SPY_000562;Name=asnS;gbkey=Gene;gene=asnS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000562 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 543950 545296 . + 0 ID=cds-SPY_000562;Parent=gene-SPY_000562;Name=extdb:SPY_000562;Ontology_term=GO:0006421,GO:0004816,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=asnS;go_function=asparagine-tRNA ligase activity|0004816||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=asparaginyl-tRNA aminoacylation|0006421||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_000038477.1;locus_tag=SPY_000562;product=asparagine--tRNA ligase;protein_id=extdb:SPY_000562;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 545710 546600 . + . 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ID=gene-SPY_000565;Name=whiA;gbkey=Gene;gene=whiA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000565 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 547571 548482 . + 0 ID=cds-SPY_000565;Parent=gene-SPY_000565;Name=extdb:SPY_000565;Ontology_term=GO:0043937,GO:0003677;gbkey=CDS;gene=whiA;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of sporulation|0043937||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003062628.1;locus_tag=SPY_000565;product=DNA-binding protein WhiA;protein_id=extdb:SPY_000565;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 548615 550012 . + . ID=gene-SPY_000566;Name=SPY_000566;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000566 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 548615 550012 . + 0 ID=cds-SPY_000566;Parent=gene-SPY_000566;Name=extdb:SPY_000566;Ontology_term=GO:0006508,GO:0016805;gbkey=CDS;go_function=dipeptidase activity|0016805||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012766747.1;locus_tag=SPY_000566;product=C69 family dipeptidase;protein_id=extdb:SPY_000566;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 550164 551711 . + . 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ID=gene-SPY_000661;Name=SPY_000661;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000661 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 654840 655166 . + 0 ID=cds-SPY_000661;Parent=gene-SPY_000661;Name=extdb:SPY_000661;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002985112.1;locus_tag=SPY_000661;product=ribosomal-processing cysteine protease Prp;protein_id=extdb:SPY_000661;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 655194 655487 . + . 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ID=gene-SPY_000663;Name=SPY_000663;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000663 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 655835 656749 . + 0 ID=cds-SPY_000663;Parent=gene-SPY_000663;Name=extdb:SPY_000663;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011184386.1;locus_tag=SPY_000663;product=LysR family transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_000663;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 656746 657204 . + . ID=gene-SPY_000664;Name=lspA;gbkey=Gene;gene=lspA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000664 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 656746 657204 . + 0 ID=cds-SPY_000664;Parent=gene-SPY_000664;Name=extdb:SPY_000664;Ontology_term=GO:0006508,GO:0009306,GO:0004190,GO:0005886;gbkey=CDS;gene=lspA;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_function=aspartic-type endopeptidase activity|0004190||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA,protein secretion|0009306||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922145.1;locus_tag=SPY_000664;product=signal peptidase II;protein_id=extdb:SPY_000664;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 657194 658084 . + . ID=gene-SPY_000665;Name=SPY_000665;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000665 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 657194 658084 . + 0 ID=cds-SPY_000665;Parent=gene-SPY_000665;Name=extdb:SPY_000665;Ontology_term=GO:0001522,GO:0003723,GO:0009982;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA,pseudouridine synthase activity|0009982||IEA;go_process=pseudouridine synthesis|0001522||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014635398.1;locus_tag=SPY_000665;product=RluA family pseudouridine synthase;protein_id=extdb:SPY_000665;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 658480 659001 . + . ID=gene-SPY_000666;Name=pyrR;gbkey=Gene;gene=pyrR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000666 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 658480 659001 . + 0 ID=cds-SPY_000666;Parent=gene-SPY_000666;Name=extdb:SPY_000666;gbkey=CDS;gene=pyrR;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009881107.1;locus_tag=SPY_000666;product=bifunctional pyr operon transcriptional regulator/uracil phosphoribosyltransferase PyrR;protein_id=extdb:SPY_000666;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 659017 660276 . + . 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ID=gene-SPY_000668;Name=SPY_000668;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000668 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 660337 661272 . + 0 ID=cds-SPY_000668;Parent=gene-SPY_000668;Name=extdb:SPY_000668;Ontology_term=GO:0006207,GO:0006520,GO:0004070,GO:0016597;gbkey=CDS;go_function=aspartate carbamoyltransferase activity|0004070||IEA,amino acid binding|0016597||IEA;go_process='de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process|0006207||IEA,amino acid metabolic process|0006520||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003048071.1;locus_tag=SPY_000668;product=aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit;protein_id=extdb:SPY_000668;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 661316 662398 . + . 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ID=gene-SPY_000673;Name=SPY_000673;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000673 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 668000 669220 . + 0 ID=cds-SPY_000673;Parent=gene-SPY_000673;Name=extdb:SPY_000673;Ontology_term=GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011017655.1;locus_tag=SPY_000673;product=ABC transporter permease;protein_id=extdb:SPY_000673;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 669474 671207 . + . ID=gene-SPY_000674;Name=SPY_000674;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000674 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 669474 671207 . + 0 ID=cds-SPY_000674;Parent=gene-SPY_000674;Name=extdb:SPY_000674;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002990233.1;locus_tag=SPY_000674;product=glycerophosphoryl diester phosphodiesterase membrane domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000674;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 671334 671606 . + . ID=gene-SPY_000675;Name=rpsP;gbkey=Gene;gene=rpsP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000675 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 671334 671606 . + 0 ID=cds-SPY_000675;Parent=gene-SPY_000675;Name=extdb:SPY_000675;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0000314,GO:0022627;gbkey=CDS;gene=rpsP;go_component=organellar small ribosomal subunit|0000314||IEA,cytosolic small ribosomal subunit|0022627||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002884675.1;locus_tag=SPY_000675;product=30S ribosomal protein S16;protein_id=extdb:SPY_000675;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 671616 671855 . + . 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ID=gene-SPY_000678;Name=SPY_000678;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000678 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 675812 676213 . + 0 ID=cds-SPY_000678;Parent=gene-SPY_000678;Name=extdb:SPY_000678;Ontology_term=GO:0010181,GO:0016491;gbkey=CDS;go_function=FMN binding|0010181||IEA,oxidoreductase activity|0016491||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002985067.1;locus_tag=SPY_000678;product=pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;protein_id=extdb:SPY_000678;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 676393 677268 . - . ID=gene-SPY_000679;Name=SPY_000679;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000679 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 676393 677268 . - 0 ID=cds-SPY_000679;Parent=gene-SPY_000679;Name=extdb:SPY_000679;Ontology_term=GO:0008324,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=monoatomic cation transmembrane transporter activity|0008324||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011284685.1;locus_tag=SPY_000679;product=cation diffusion facilitator family transporter;protein_id=extdb:SPY_000679;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 677404 677925 . + . ID=gene-SPY_000680;Name=SPY_000680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000680 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 677404 677925 . + 0 ID=cds-SPY_000680;Parent=gene-SPY_000680;Name=extdb:SPY_000680;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011888987.1;locus_tag=SPY_000680;product=TetR/AcrR family transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_000680;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 678140 678658 . + . ID=gene-SPY_000681;Name=rimM;gbkey=Gene;gene=rimM;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000681 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 678140 678658 . + 0 ID=cds-SPY_000681;Parent=gene-SPY_000681;Name=extdb:SPY_000681;Note=Essential for efficient processing of 16S rRNA;Ontology_term=GO:0006364,GO:0043022,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rimM;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=ribosome binding|0043022||IEA;go_process=rRNA processing|0006364||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016465641.1;locus_tag=SPY_000681;product=ribosome maturation factor RimM;protein_id=extdb:SPY_000681;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 678648 679379 . + . ID=gene-SPY_000682;Name=trmD;gbkey=Gene;gene=trmD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000682 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 678648 679379 . + 0 ID=cds-SPY_000682;Parent=gene-SPY_000682;Name=extdb:SPY_000682;Ontology_term=GO:0008033,GO:0052906;gbkey=CDS;gene=trmD;go_function=tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity|0052906||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014407493.1;locus_tag=SPY_000682;product=tRNA (guanosine(37)-N1)-methyltransferase TrmD;protein_id=extdb:SPY_000682;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 679379 680371 . + . ID=gene-SPY_000683;Name=SPY_000683;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000683 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 679379 680371 . + 0 ID=cds-SPY_000683;Parent=gene-SPY_000683;Name=extdb:SPY_000683;Ontology_term=GO:0016491,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014407494.1;locus_tag=SPY_000683;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=extdb:SPY_000683;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 680549 681607 . + . ID=gene-SPY_000684;Name=SPY_000684;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000684 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 680549 681607 . + 0 ID=cds-SPY_000684;Parent=gene-SPY_000684;Name=extdb:SPY_000684;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002990218.1;locus_tag=SPY_000684;product=PTS transporter subunit IIC;protein_id=extdb:SPY_000684;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 681620 682543 . + . ID=gene-SPY_000685;Name=SPY_000685;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000685 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 681620 682543 . + 0 ID=cds-SPY_000685;Parent=gene-SPY_000685;Name=extdb:SPY_000685;Ontology_term=GO:0015940,GO:0008677,GO:0050661;gbkey=CDS;go_function=2-dehydropantoate 2-reductase activity|0008677||IEA,NADP binding|0050661||IEA;go_process=pantothenate biosynthetic process|0015940||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_000964166.1;locus_tag=SPY_000685;product=2-dehydropantoate 2-reductase;protein_id=extdb:SPY_000685;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 682799 683512 . + . ID=gene-SPY_000686;Name=SPY_000686;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000686 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 682799 683512 . + 0 ID=cds-SPY_000686;Parent=gene-SPY_000686;Name=extdb:SPY_000686;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003048118.1;locus_tag=SPY_000686;product=DeoR/GlpR family DNA-binding transcription regulator;protein_id=extdb:SPY_000686;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 683509 684420 . + . ID=gene-SPY_000687;Name=pfkB;gbkey=Gene;gene=pfkB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000687 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 683509 684420 . + 0 ID=cds-SPY_000687;Parent=gene-SPY_000687;Name=extdb:SPY_000687;Ontology_term=GO:0008662;gbkey=CDS;gene=pfkB;go_function=1-phosphofructokinase activity|0008662||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015016911.1;locus_tag=SPY_000687;product=1-phosphofructokinase;protein_id=extdb:SPY_000687;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 684417 686363 . + . ID=gene-SPY_000688;Name=SPY_000688;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000688 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 684417 686363 . + 0 ID=cds-SPY_000688;Parent=gene-SPY_000688;Name=extdb:SPY_000688;Ontology_term=GO:0009401,GO:0005351,GO:0022877,GO:0090563;gbkey=CDS;go_function=carbohydrate:proton symporter activity|0005351||IEA,protein-N(PI)-phosphohistidine-fructose phosphotransferase system transporter activity|0022877||IEA,protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity|0090563||IEA;go_process=phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system|0009401||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003050270.1;locus_tag=SPY_000688;product=PTS fructose transporter subunit IIABC;protein_id=extdb:SPY_000688;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 686456 687055 . + . ID=gene-SPY_000689;Name=SPY_000689;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000689 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 686456 687055 . + 0 ID=cds-SPY_000689;Parent=gene-SPY_000689;Name=extdb:SPY_000689;Ontology_term=GO:0004040;gbkey=CDS;go_function=amidase activity|0004040||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011284690.1;locus_tag=SPY_000689;product=glucosaminidase domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000689;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 687207 687914 . + . ID=gene-SPY_000690;Name=SPY_000690;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000690 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 687207 687914 . + 0 ID=cds-SPY_000690;Parent=gene-SPY_000690;Name=extdb:SPY_000690;Ontology_term=GO:0004040;gbkey=CDS;go_function=amidase activity|0004040||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002990206.1;locus_tag=SPY_000690;product=glucosaminidase domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000690;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . pseudogene 687971 688261 . - . 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ID=gene-SPY_000713;Name=SPY_000713;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000713 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 709282 709779 . + 0 ID=cds-SPY_000713;Parent=gene-SPY_000713;Name=extdb:SPY_000713;Ontology_term=GO:0046654,GO:0004146,GO:0005542,GO:0050661;gbkey=CDS;go_function=dihydrofolate reductase activity|0004146||IEA,folic acid binding|0005542||IEA,NADP binding|0050661||IEA;go_process=tetrahydrofolate biosynthetic process|0046654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002984955.1;locus_tag=SPY_000713;product=dihydrofolate reductase;protein_id=extdb:SPY_000713;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 709799 709969 . + . 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ID=gene-SPY_000719;Name=rpiA;gbkey=Gene;gene=rpiA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000719 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 715364 716047 . + 0 ID=cds-SPY_000719;Parent=gene-SPY_000719;Name=extdb:SPY_000719;Ontology_term=GO:0009052,GO:0004751;gbkey=CDS;gene=rpiA;go_function=ribose-5-phosphate isomerase activity|0004751||IEA;go_process=pentose-phosphate shunt%2C non-oxidative branch|0009052||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009881270.1;locus_tag=SPY_000719;product=ribose-5-phosphate isomerase RpiA;protein_id=extdb:SPY_000719;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 716124 717335 . + . ID=gene-SPY_000720;Name=SPY_000720;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000720 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 716124 717335 . + 0 ID=cds-SPY_000720;Parent=gene-SPY_000720;Name=extdb:SPY_000720;Ontology_term=GO:0009117,GO:0043094,GO:0000287,GO:0008973;gbkey=CDS;go_function=magnesium ion binding|0000287||IEA,phosphopentomutase activity|0008973||IEA;go_process=nucleotide metabolic process|0009117||IEA,metabolic compound salvage|0043094||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011184417.1;locus_tag=SPY_000720;product=phosphopentomutase;protein_id=extdb:SPY_000720;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 717354 717794 . + . ID=gene-SPY_000721;Name=arsC;gbkey=Gene;gene=arsC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000721 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 717354 717794 . + 0 ID=cds-SPY_000721;Parent=gene-SPY_000721;Name=extdb:SPY_000721;Note=This arsenate reductase requires both glutathione and glutaredoxin to convert arsenate to arsenite%2C after which the efflux transporter formed by ArsA and ArsB can extrude the arsenite from the cell%2C providing resistance.;Ontology_term=GO:0046685,GO:0008794;gbkey=CDS;gene=arsC;go_function=arsenate reductase (glutaredoxin) activity|0008794||IEA;go_process=response to arsenic-containing substance|0046685||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922177.1;locus_tag=SPY_000721;product=arsenate reductase (glutaredoxin);protein_id=extdb:SPY_000721;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 717778 718587 . + . ID=gene-SPY_000722;Name=SPY_000722;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000722 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 717778 718587 . + 0 ID=cds-SPY_000722;Parent=gene-SPY_000722;Name=extdb:SPY_000722;Ontology_term=GO:0009116,GO:0004731;gbkey=CDS;go_function=purine-nucleoside phosphorylase activity|0004731||IEA;go_process=nucleoside metabolic process|0009116||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015647060.1;locus_tag=SPY_000722;product=purine-nucleoside phosphorylase;protein_id=extdb:SPY_000722;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 719250 719963 . + . ID=gene-SPY_000723;Name=deoD;gbkey=Gene;gene=deoD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000723 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 719250 719963 . + 0 ID=cds-SPY_000723;Parent=gene-SPY_000723;Name=extdb:SPY_000723;Ontology_term=GO:0006139,GO:0004731;gbkey=CDS;gene=deoD;go_function=purine-nucleoside phosphorylase activity|0004731||IEA;go_process=nucleobase-containing compound metabolic process|0006139||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002984928.1;locus_tag=SPY_000723;product=purine-nucleoside phosphorylase;protein_id=extdb:SPY_000723;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 719956 720744 . + . ID=gene-SPY_000724;Name=SPY_000724;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000724 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 719956 720744 . + 0 ID=cds-SPY_000724;Parent=gene-SPY_000724;Name=extdb:SPY_000724;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002984926.1;locus_tag=SPY_000724;product=LytR family transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_000724;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 720823 721728 . - . ID=gene-SPY_000725;Name=SPY_000725;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000725 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 720823 721728 . - 0 ID=cds-SPY_000725;Parent=gene-SPY_000725;Name=extdb:SPY_000725;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011284709.1;locus_tag=SPY_000725;product=LysR family transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_000725;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 721950 722486 . + . ID=gene-SPY_000726;Name=SPY_000726;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000726 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 721950 722486 . + 0 ID=cds-SPY_000726;Parent=gene-SPY_000726;Name=extdb:SPY_000726;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002990141.1;locus_tag=SPY_000726;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_000726;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 722763 723455 . + . ID=gene-SPY_000727;Name=pyrF;gbkey=Gene;gene=pyrF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000727 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 722763 723455 . + 0 ID=cds-SPY_000727;Parent=gene-SPY_000727;Name=extdb:SPY_000727;Ontology_term=GO:0006207,GO:0044205,GO:0004590;gbkey=CDS;gene=pyrF;go_function=orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity|0004590||IEA;go_process='de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process|0006207||IEA,'de novo' UMP biosynthetic process|0044205||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002984921.1;locus_tag=SPY_000727;product=orotidine-5'-phosphate decarboxylase;protein_id=extdb:SPY_000727;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 723513 724142 . + . ID=gene-SPY_000728;Name=pyrE;gbkey=Gene;gene=pyrE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000728 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 723513 724142 . + 0 ID=cds-SPY_000728;Parent=gene-SPY_000728;Name=extdb:SPY_000728;Ontology_term=GO:0009220,GO:0004588;gbkey=CDS;gene=pyrE;go_function=orotate phosphoribosyltransferase activity|0004588||IEA;go_process=pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process|0009220||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922180.1;locus_tag=SPY_000728;product=orotate phosphoribosyltransferase;protein_id=extdb:SPY_000728;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 724339 725793 . + . ID=gene-SPY_000729;Name=SPY_000729;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000729 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 724339 725793 . + 0 ID=cds-SPY_000729;Parent=gene-SPY_000729;Name=extdb:SPY_000729;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014407508.1;locus_tag=SPY_000729;product=amidase;protein_id=extdb:SPY_000729;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 725911 726774 . + . ID=gene-SPY_000730;Name=SPY_000730;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000730 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 725911 726774 . + 0 ID=cds-SPY_000730;Parent=gene-SPY_000730;Name=extdb:SPY_000730;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003061079.1;locus_tag=SPY_000730;product=transporter substrate-binding domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000730;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 726803 727453 . + . ID=gene-SPY_000731;Name=SPY_000731;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000731 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 726803 727453 . + 0 ID=cds-SPY_000731;Parent=gene-SPY_000731;Name=extdb:SPY_000731;Ontology_term=GO:0006865,GO:0042626,GO:0140359;gbkey=CDS;go_function=ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;go_process=amino acid transport|0006865||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003057640.1;locus_tag=SPY_000731;product=amino acid ABC transporter permease;protein_id=extdb:SPY_000731;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 727586 728239 . + . ID=gene-SPY_000732;Name=SPY_000732;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000732 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 727586 728239 . + 0 ID=cds-SPY_000732;Parent=gene-SPY_000732;Name=extdb:SPY_000732;Ontology_term=GO:0006284,GO:0004844;gbkey=CDS;go_function=uracil DNA N-glycosylase activity|0004844||IEA;go_process=base-excision repair|0006284||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012767071.1;locus_tag=SPY_000732;product=uracil-DNA glycosylase;protein_id=extdb:SPY_000732;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 728371 729639 . + . ID=gene-SPY_000733;Name=SPY_000733;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000733 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 728371 729639 . + 0 ID=cds-SPY_000733;Parent=gene-SPY_000733;Name=extdb:SPY_000733;Ontology_term=GO:0006221,GO:0004151,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=dihydroorotase activity|0004151||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=pyrimidine nucleotide biosynthetic process|0006221||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922183.1;locus_tag=SPY_000733;product=dihydroorotase;protein_id=extdb:SPY_000733;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 729697 730338 . - . ID=gene-SPY_000734;Name=plsY;gbkey=Gene;gene=plsY;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000734 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 729697 730338 . - 0 ID=cds-SPY_000734;Parent=gene-SPY_000734;Name=extdb:SPY_000734;Ontology_term=GO:0006654,GO:0008374,GO:0005886;gbkey=CDS;gene=plsY;go_component=plasma membrane|0005886||IEA;go_function=O-acyltransferase activity|0008374||IEA;go_process=phosphatidic acid biosynthetic process|0006654||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009881256.1;locus_tag=SPY_000734;product=glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase PlsY;protein_id=extdb:SPY_000734;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 730473 732422 . + . ID=gene-SPY_000735;Name=parE;gbkey=Gene;gene=parE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000735 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 730473 732422 . + 0 ID=cds-SPY_000735;Parent=gene-SPY_000735;Name=extdb:SPY_000735;Ontology_term=GO:0006265,GO:0003677,GO:0003918,GO:0005524,GO:0005694;gbkey=CDS;gene=parE;go_component=chromosome|0005694||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA topoisomerase type II (double strand cut%2C ATP-hydrolyzing) activity|0003918||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA topological change|0006265||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014407511.1;locus_tag=SPY_000735;product=DNA topoisomerase IV subunit B;protein_id=extdb:SPY_000735;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 732513 734972 . + . ID=gene-SPY_000736;Name=parC;gbkey=Gene;gene=parC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000736 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 732513 734972 . + 0 ID=cds-SPY_000736;Parent=gene-SPY_000736;Name=extdb:SPY_000736;Ontology_term=GO:0006265,GO:0003677,GO:0003918,GO:0005524,GO:0005694;gbkey=CDS;gene=parC;go_component=chromosome|0005694||IEA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA topoisomerase type II (double strand cut%2C ATP-hydrolyzing) activity|0003918||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA topological change|0006265||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_021340535.1;locus_tag=SPY_000736;product=DNA topoisomerase IV subunit A;protein_id=extdb:SPY_000736;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 735050 736117 . + . ID=gene-SPY_000737;Name=SPY_000737;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000737 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 735050 736117 . + 0 ID=cds-SPY_000737;Parent=gene-SPY_000737;Name=extdb:SPY_000737;Ontology_term=GO:0009081,GO:0004084;gbkey=CDS;go_function=branched-chain-amino-acid transaminase activity|0004084||IEA;go_process=branched-chain amino acid metabolic process|0009081||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012961903.1;locus_tag=SPY_000737;product=branched-chain amino acid aminotransferase;protein_id=extdb:SPY_000737;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 736181 736411 . + . 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ID=exon-SPY_000739-1;Parent=rna-SPY_000739;anticodon=(pos:736506..736508);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=SPY_000739;product=tRNA-Tyr +NZ_LR130236.1 . gene 736604 736675 . + . ID=gene-SPY_000740;Name=SPY_000740;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=SPY_000740 +NZ_LR130236.1 tRNAscan-SE tRNA 736604 736675 . + . ID=rna-SPY_000740;Parent=gene-SPY_000740;anticodon=(pos:736636..736638);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=SPY_000740;product=tRNA-Gln +NZ_LR130236.1 tRNAscan-SE exon 736604 736675 . + . ID=exon-SPY_000740-1;Parent=rna-SPY_000740;anticodon=(pos:736636..736638);gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=SPY_000740;product=tRNA-Gln +NZ_LR130236.1 . gene 736802 738007 . + . 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ID=gene-SPY_000759;Name=SPY_000759;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000759 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 752759 753865 . + 0 ID=cds-SPY_000759;Parent=gene-SPY_000759;Name=extdb:SPY_000759;Ontology_term=GO:0016491,GO:0050660;gbkey=CDS;go_function=oxidoreductase activity|0016491||IEA,flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922194.1;locus_tag=SPY_000759;product=NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase;protein_id=extdb:SPY_000759;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 753923 754792 . + . 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ID=gene-SPY_000761;Name=SPY_000761;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000761 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 754792 755385 . + 0 ID=cds-SPY_000761;Parent=gene-SPY_000761;Name=extdb:SPY_000761;Ontology_term=GO:0016857;gbkey=CDS;go_function=racemase and epimerase activity%2C acting on carbohydrates and derivatives|0016857||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_018379055.1;locus_tag=SPY_000761;product=dTDP-4-dehydrorhamnose 3%2C5-epimerase family protein;protein_id=extdb:SPY_000761;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 755629 756669 . + . ID=gene-SPY_000762;Name=rfbB;gbkey=Gene;gene=rfbB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000762 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 755629 756669 . + 0 ID=cds-SPY_000762;Parent=gene-SPY_000762;Name=extdb:SPY_000762;Ontology_term=GO:0009225,GO:0019305,GO:0008460;gbkey=CDS;gene=rfbB;go_function=dTDP-glucose 4%2C6-dehydratase activity|0008460||IEA;go_process=nucleotide-sugar metabolic process|0009225||IEA,dTDP-rhamnose biosynthetic process|0019305||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_000277597.1;locus_tag=SPY_000762;product=dTDP-glucose 4%2C6-dehydratase;protein_id=extdb:SPY_000762;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 756890 757366 . + . 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ID=gene-SPY_000781;Name=gatD;gbkey=Gene;gene=gatD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000781 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 780383 781174 . - 0 ID=cds-SPY_000781;Parent=gene-SPY_000781;Name=extdb:SPY_000781;Ontology_term=GO:0009252,GO:0004359,GO:0140282;gbkey=CDS;gene=gatD;go_function=glutaminase activity|0004359||IEA,carbon-nitrogen ligase activity on lipid II|0140282||IEA;go_process=peptidoglycan biosynthetic process|0009252||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002984860.1;locus_tag=SPY_000781;product=lipid II isoglutaminyl synthase subunit GatD;protein_id=extdb:SPY_000781;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 781174 782517 . - . 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ID=gene-SPY_000861;Name=SPY_000861;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000861 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 858511 859416 . + 0 ID=cds-SPY_000861;Parent=gene-SPY_000861;Name=extdb:SPY_000861;Ontology_term=GO:0001522,GO:0003723,GO:0009982;gbkey=CDS;go_function=RNA binding|0003723||IEA,pseudouridine synthase activity|0009982||IEA;go_process=pseudouridine synthesis|0001522||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003054007.1;locus_tag=SPY_000861;product=RluA family pseudouridine synthase;protein_id=extdb:SPY_000861;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 859420 860415 . + . 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ID=gene-SPY_000883;Name=SPY_000883;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000883 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 881296 882279 . - 0 ID=cds-SPY_000883;Parent=gene-SPY_000883;Name=extdb:SPY_000883;Ontology_term=GO:0006096,GO:0004459,GO:0005737;gbkey=CDS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=L-lactate dehydrogenase activity|0004459||IEA;go_process=glycolytic process|0006096||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003050541.1;locus_tag=SPY_000883;product=L-lactate dehydrogenase;protein_id=extdb:SPY_000883;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 882470 884956 . + . ID=gene-SPY_000884;Name=gyrA;gbkey=Gene;gene=gyrA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000884 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 882470 884956 . + 0 ID=cds-SPY_000884;Parent=gene-SPY_000884;Name=extdb:SPY_000884;Ontology_term=GO:0006259,GO:0006265,GO:0003677,GO:0003916,GO:0003918,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=gyrA;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA topoisomerase activity|0003916||IEA,DNA topoisomerase type II (double strand cut%2C ATP-hydrolyzing) activity|0003918||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=DNA metabolic process|0006259||IEA,DNA topological change|0006265||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002984643.1;locus_tag=SPY_000884;product=DNA gyrase subunit A;protein_id=extdb:SPY_000884;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 884976 885725 . + . 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ID=gene-SPY_000887;Name=SPY_000887;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000887 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 886835 887203 . + 0 ID=cds-SPY_000887;Parent=gene-SPY_000887;Name=extdb:SPY_000887;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922310.1;locus_tag=SPY_000887;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_000887;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 887253 888164 . - . 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ID=gene-SPY_000897;Name=SPY_000897;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000897 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 895883 896875 . + 0 ID=cds-SPY_000897;Parent=gene-SPY_000897;Name=extdb:SPY_000897;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922317.1;locus_tag=SPY_000897;product=D-lactate dehydrogenase;protein_id=extdb:SPY_000897;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 896980 897645 . + . ID=gene-SPY_000898;Name=SPY_000898;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000898 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 896980 897645 . + 0 ID=cds-SPY_000898;Parent=gene-SPY_000898;Name=extdb:SPY_000898;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002989760.1;locus_tag=SPY_000898;product=SatD family protein;protein_id=extdb:SPY_000898;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 897638 898354 . + . ID=gene-SPY_000899;Name=SPY_000899;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000899 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 897638 898354 . + 0 ID=cds-SPY_000899;Parent=gene-SPY_000899;Name=extdb:SPY_000899;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015057577.1;locus_tag=SPY_000899;product=DUF3307 domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000899;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 898505 899851 . + . ID=gene-SPY_000900;Name=trmFO;gbkey=Gene;gene=trmFO;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000900 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 898505 899851 . + 0 ID=cds-SPY_000900;Parent=gene-SPY_000900;Name=extdb:SPY_000900;Ontology_term=GO:0008033,GO:0050660;gbkey=CDS;gene=trmFO;go_function=flavin adenine dinucleotide binding|0050660||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014635468.1;locus_tag=SPY_000900;product=methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil(54)-C(5))-methyltransferase (FADH(2)-oxidizing) TrmFO;protein_id=extdb:SPY_000900;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 900007 901410 . + . ID=gene-SPY_000901;Name=SPY_000901;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000901 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 900007 901410 . + 0 ID=cds-SPY_000901;Parent=gene-SPY_000901;Name=extdb:SPY_000901;Ontology_term=GO:0003824;gbkey=CDS;go_function=catalytic activity|0003824||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015055948.1;locus_tag=SPY_000901;product=pyruvate carboxylase subunit B;protein_id=extdb:SPY_000901;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 901453 901767 . + . ID=gene-SPY_000902;Name=SPY_000902;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000902 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 901453 901767 . + 0 ID=cds-SPY_000902;Parent=gene-SPY_000902;Name=extdb:SPY_000902;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002995020.1;locus_tag=SPY_000902;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_000902;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 901767 902117 . + . 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ID=gene-SPY_000907;Name=SPY_000907;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000907 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 905187 906590 . - 0 ID=cds-SPY_000907;Parent=gene-SPY_000907;Name=extdb:SPY_000907;Ontology_term=GO:0046942,GO:1905039,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_process=carboxylic acid transport|0046942||IEA,carboxylic acid transmembrane transport|1905039||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003088270.1;locus_tag=SPY_000907;product=CitMHS family transporter;protein_id=extdb:SPY_000907;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 906970 907293 . + . 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ID=gene-SPY_000930;Name=SPY_000930;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000930 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 929333 930601 . + 0 ID=cds-SPY_000930;Parent=gene-SPY_000930;Name=extdb:SPY_000930;Ontology_term=GO:0030170;gbkey=CDS;go_function=pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002989729.1;locus_tag=SPY_000930;product=PLP-dependent aminotransferase family protein;protein_id=extdb:SPY_000930;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 930999 931337 . - . ID=gene-SPY_000931;Name=SPY_000931;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000931 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 930999 931337 . - 0 ID=cds-SPY_000931;Parent=gene-SPY_000931;Name=extdb:SPY_000931;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_001165748.1;locus_tag=SPY_000931;product=ATP cone domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_000931;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 931677 933254 . - . ID=gene-SPY_000932;Name=cls;gbkey=Gene;gene=cls;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000932 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 931677 933254 . - 0 ID=cds-SPY_000932;Parent=gene-SPY_000932;Name=extdb:SPY_000932;Ontology_term=GO:0032049,GO:0008808,GO:0016780;gbkey=CDS;gene=cls;go_function=cardiolipin synthase activity|0008808||IEA,phosphotransferase activity%2C for other substituted phosphate groups|0016780||IEA;go_process=cardiolipin biosynthetic process|0032049||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002984563.1;locus_tag=SPY_000932;product=cardiolipin synthase;protein_id=extdb:SPY_000932;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 933339 935009 . - . 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ID=gene-SPY_000955;Name=SPY_000955;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_000955 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 955848 958385 . - 0 ID=cds-SPY_000955;Parent=gene-SPY_000955;Name=extdb:SPY_000955;Ontology_term=GO:0006508,GO:0008237,GO:0008270;gbkey=CDS;go_function=metallopeptidase activity|0008237||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014612305.1;locus_tag=SPY_000955;product=M1 family metallopeptidase;protein_id=extdb:SPY_000955;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 958590 959243 . - . 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ID=gene-SPY_001033;Name=SPY_001033;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001033 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1026142 1026774 . - 0 ID=cds-SPY_001033;Parent=gene-SPY_001033;Name=extdb:SPY_001033;Ontology_term=GO:0003677,GO:0008170;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,N-methyltransferase activity|0008170||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011017868.1;locus_tag=SPY_001033;product=N-6 DNA methylase;protein_id=extdb:SPY_001033;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1026776 1027060 . - . ID=gene-SPY_001034;Name=SPY_001034;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001034 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1026776 1027060 . - 0 ID=cds-SPY_001034;Parent=gene-SPY_001034;Name=extdb:SPY_001034;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_015984796.1;locus_tag=SPY_001034;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001034;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1027057 1027227 . - . 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ID=gene-SPY_001050;Name=SPY_001050;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001050 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1033435 1033644 . + 0 ID=cds-SPY_001050;Parent=gene-SPY_001050;Name=extdb:SPY_001050;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011017885.1;locus_tag=SPY_001050;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001050;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1033754 1033954 . - . ID=gene-SPY_001051;Name=SPY_001051;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001051 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1033754 1033954 . - 0 ID=cds-SPY_001051;Parent=gene-SPY_001051;Name=extdb:SPY_001051;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002992770.1;locus_tag=SPY_001051;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001051;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1034028 1034414 . + . 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ID=gene-SPY_001059;Name=SPY_001059;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001059 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1039135 1039755 . + 0 ID=cds-SPY_001059;Parent=gene-SPY_001059;Name=extdb:SPY_001059;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014407631.1;locus_tag=SPY_001059;product=DUF3862 domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001059;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1040012 1042276 . - . ID=gene-SPY_001060;Name=glgP;gbkey=Gene;gene=glgP;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001060 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1040012 1042276 . - 0 ID=cds-SPY_001060;Parent=gene-SPY_001060;Name=extdb:SPY_001060;Ontology_term=GO:0005975,GO:0004645,GO:0030170;gbkey=CDS;gene=glgP;go_function=1%2C4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity|0004645||IEA,pyridoxal phosphate binding|0030170||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002992581.1;locus_tag=SPY_001060;product=glycogen/starch/alpha-glucan family phosphorylase;protein_id=extdb:SPY_001060;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1042311 1043804 . - . 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ID=gene-SPY_001062;Name=SPY_001062;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001062 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1043919 1044938 . - 0 ID=cds-SPY_001062;Parent=gene-SPY_001062;Name=extdb:SPY_001062;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002992583.1;locus_tag=SPY_001062;product=LacI family DNA-binding transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_001062;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1045184 1046431 . + . 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ID=gene-SPY_001110;Name=grab;gbkey=Gene;gene=grab;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001110 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1096341 1096994 . - 0 ID=cds-SPY_001110;Parent=gene-SPY_001110;Name=extdb:SPY_001110;gbkey=CDS;gene=grab;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922409.1;locus_tag=SPY_001110;product=G-related alpha2-macroglobulin-binding protein GRAB;protein_id=extdb:SPY_001110;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1097352 1098611 . - . ID=gene-SPY_001111;Name=SPY_001111;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001111 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1097352 1098611 . - 0 ID=cds-SPY_001111;Parent=gene-SPY_001111;Name=extdb:SPY_001111;Ontology_term=GO:0019277,GO:0008760;gbkey=CDS;go_function=UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity|0008760||IEA;go_process=UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process|0019277||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_001226236.1;locus_tag=SPY_001111;product=UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase;protein_id=extdb:SPY_001111;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1098785 1099981 . - . 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ID=gene-SPY_001190;Name=SPY_001190;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001190 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1178336 1178602 . - 0 ID=cds-SPY_001190;Parent=gene-SPY_001190;Name=extdb:SPY_001190;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011054745.1;locus_tag=SPY_001190;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001190;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1178595 1178774 . - . ID=gene-SPY_001191;Name=SPY_001191;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001191 +NZ_LR130236.1 GeneMarkS-2+ CDS 1178595 1178774 . - 0 ID=cds-SPY_001191;Parent=gene-SPY_001191;Name=extdb:SPY_001191;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: ab initio prediction:GeneMarkS-2+;locus_tag=SPY_001191;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001191;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1178824 1179048 . - . 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ID=gene-SPY_001208;Name=SPY_001208;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001208 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1188108 1188341 . - 0 ID=cds-SPY_001208;Parent=gene-SPY_001208;Name=extdb:SPY_001208;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002988350.1;locus_tag=SPY_001208;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001208;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1188322 1188711 . - . ID=gene-SPY_001209;Name=SPY_001209;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001209 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1188322 1188711 . - 0 ID=cds-SPY_001209;Parent=gene-SPY_001209;Name=extdb:SPY_001209;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002985388.1;locus_tag=SPY_001209;product=DnaD domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001209;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1188856 1189095 . - . ID=gene-SPY_001210;Name=SPY_001210;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001210 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1188856 1189095 . - 0 ID=cds-SPY_001210;Parent=gene-SPY_001210;Name=extdb:SPY_001210;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002985390.1;locus_tag=SPY_001210;product=transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_001210;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1189195 1189380 . - . ID=gene-SPY_001211;Name=SPY_001211;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001211 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1189195 1189380 . - 0 ID=cds-SPY_001211;Parent=gene-SPY_001211;Name=extdb:SPY_001211;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012767052.1;locus_tag=SPY_001211;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001211;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1189382 1189693 . - . 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ID=gene-SPY_001216;Name=SPY_001216;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001216 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1191245 1191511 . - 0 ID=cds-SPY_001216;Parent=gene-SPY_001216;Name=extdb:SPY_001216;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922204.1;locus_tag=SPY_001216;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001216;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1191543 1192259 . - . ID=gene-SPY_001217;Name=SPY_001217;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001217 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1191543 1192259 . - 0 ID=cds-SPY_001217;Parent=gene-SPY_001217;Name=extdb:SPY_001217;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_001072522.1;locus_tag=SPY_001217;product=phage antirepressor KilAC domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001217;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1192271 1192462 . - . 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ID=gene-SPY_001220;Name=SPY_001220;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001220 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1193616 1193963 . + 0 ID=cds-SPY_001220;Parent=gene-SPY_001220;Name=extdb:SPY_001220;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002994741.1;locus_tag=SPY_001220;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001220;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1193967 1194347 . + . ID=gene-SPY_001221;Name=SPY_001221;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001221 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1193967 1194347 . + 0 ID=cds-SPY_001221;Parent=gene-SPY_001221;Name=extdb:SPY_001221;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002994744.1;locus_tag=SPY_001221;product=ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase;protein_id=extdb:SPY_001221;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1194359 1194625 . + . 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ID=gene-SPY_001223;Name=SPY_001223;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001223 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1194749 1195891 . + 0 ID=cds-SPY_001223;Parent=gene-SPY_001223;Name=extdb:SPY_001223;Ontology_term=GO:0006310,GO:0009009;gbkey=CDS;go_function=site-specific recombinase activity|0009009||IEA;go_process=DNA recombination|0006310||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003051793.1;locus_tag=SPY_001223;product=tyrosine-type recombinase/integrase;protein_id=extdb:SPY_001223;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1195981 1196256 . - . 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ID=gene-SPY_001242;Name=SPY_001242;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001242 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1214430 1214885 . + 0 ID=cds-SPY_001242;Parent=gene-SPY_001242;Name=extdb:SPY_001242;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002989103.1;locus_tag=SPY_001242;product=NUDIX hydrolase;protein_id=extdb:SPY_001242;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1214936 1215238 . + . ID=gene-SPY_001243;Name=SPY_001243;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001243 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1214936 1215238 . + 0 ID=cds-SPY_001243;Parent=gene-SPY_001243;Name=extdb:SPY_001243;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012678298.1;locus_tag=SPY_001243;product=DUF1827 family protein;protein_id=extdb:SPY_001243;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1215503 1218304 . - . 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ID=gene-SPY_001261;Name=SPY_001261;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001261 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1233487 1234113 . + 0 ID=cds-SPY_001261;Parent=gene-SPY_001261;Name=extdb:SPY_001261;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922497.1;locus_tag=SPY_001261;product=prepilin peptidase;protein_id=extdb:SPY_001261;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1234195 1235274 . - . 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ID=gene-SPY_001267;Name=rsmD;gbkey=Gene;gene=rsmD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001267 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1239241 1239780 . - 0 ID=cds-SPY_001267;Parent=gene-SPY_001267;Name=extdb:SPY_001267;Ontology_term=GO:0031167,GO:0052913;gbkey=CDS;gene=rsmD;go_function=16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase activity|0052913||IEA;go_process=rRNA methylation|0031167||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011018010.1;locus_tag=SPY_001267;product=16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase RsmD;protein_id=extdb:SPY_001267;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1239903 1240895 . - . ID=gene-SPY_001268;Name=asnA;gbkey=Gene;gene=asnA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001268 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1239903 1240895 . - 0 ID=cds-SPY_001268;Parent=gene-SPY_001268;Name=extdb:SPY_001268;Ontology_term=GO:0006529,GO:0004071,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=asnA;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=aspartate-ammonia ligase activity|0004071||IEA;go_process=asparagine biosynthetic process|0006529||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_016502595.1;locus_tag=SPY_001268;product=aspartate--ammonia ligase;protein_id=extdb:SPY_001268;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1241208 1242158 . - . ID=gene-SPY_001269;Name=arcC;gbkey=Gene;gene=arcC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001269 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1241208 1242158 . - 0 ID=cds-SPY_001269;Parent=gene-SPY_001269;Name=extdb:SPY_001269;Ontology_term=GO:0006520,GO:0008804;gbkey=CDS;gene=arcC;go_function=carbamate kinase activity|0008804||IEA;go_process=amino acid metabolic process|0006520||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012679157.1;locus_tag=SPY_001269;product=carbamate kinase;protein_id=extdb:SPY_001269;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1242178 1243509 . - . 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ID=gene-SPY_001366;Name=nadE;gbkey=Gene;gene=nadE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001366 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1343411 1344235 . - 0 ID=cds-SPY_001366;Parent=gene-SPY_001366;Name=extdb:SPY_001366;Ontology_term=GO:0009435,GO:0003952,GO:0004359,GO:0008795;gbkey=CDS;gene=nadE;go_function=NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity|0003952||IEA,glutaminase activity|0004359||IEA,NAD+ synthase activity|0008795||IEA;go_process=NAD biosynthetic process|0009435||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003052203.1;locus_tag=SPY_001366;product=ammonia-dependent NAD(+) synthetase;protein_id=extdb:SPY_001366;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1344237 1345691 . - . 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ID=gene-SPY_001491;Name=serS;gbkey=Gene;gene=serS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001491 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1456436 1457713 . + 0 ID=cds-SPY_001491;Parent=gene-SPY_001491;Name=extdb:SPY_001491;Ontology_term=GO:0006434,GO:0000166,GO:0004828,GO:0005524;gbkey=CDS;gene=serS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,serine-tRNA ligase activity|0004828||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=seryl-tRNA aminoacylation|0006434||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012678442.1;locus_tag=SPY_001491;product=serine--tRNA ligase;protein_id=extdb:SPY_001491;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1457935 1458705 . - . 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ID=gene-SPY_001540;Name=secA;gbkey=Gene;gene=secA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001540 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1509378 1511897 . - 0 ID=cds-SPY_001540;Parent=gene-SPY_001540;Name=extdb:SPY_001540;Ontology_term=GO:0043952,GO:0005524,GO:0015450,GO:0016887,GO:0009898;gbkey=CDS;gene=secA;go_component=cytoplasmic side of plasma membrane|0009898||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,protein-transporting ATPase activity|0015450||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;go_process=protein transport by the Sec complex|0043952||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012560919.1;locus_tag=SPY_001540;product=preprotein translocase subunit SecA;protein_id=extdb:SPY_001540;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . pseudogene 1512063 1513185 . - . 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ID=gene-SPY_001542;Name=manA;gbkey=Gene;gene=manA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001542 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1513347 1514300 . - 0 ID=cds-SPY_001542;Parent=gene-SPY_001542;Name=extdb:SPY_001542;Ontology_term=GO:0005975,GO:0004476,GO:0008270;gbkey=CDS;gene=manA;go_function=mannose-6-phosphate isomerase activity|0004476||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002983189.1;locus_tag=SPY_001542;product=mannose-6-phosphate isomerase%2C class I;protein_id=extdb:SPY_001542;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1514395 1515279 . - . ID=gene-SPY_001543;Name=scrK;gbkey=Gene;gene=scrK;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001543 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1514395 1515279 . - 0 ID=cds-SPY_001543;Parent=gene-SPY_001543;Name=extdb:SPY_001543;Ontology_term=GO:0005524,GO:0008865,GO:0046872;gbkey=CDS;gene=scrK;go_function=ATP binding|0005524||IEA,fructokinase activity|0008865||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002995401.1;locus_tag=SPY_001543;product=fructokinase ScrK;protein_id=extdb:SPY_001543;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1515543 1518530 . - . 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ID=gene-SPY_001561;Name=SPY_001561;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001561 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1534621 1535208 . + 0 ID=cds-SPY_001561;Parent=gene-SPY_001561;Name=extdb:SPY_001561;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011528942.1;locus_tag=SPY_001561;product=helix-turn-helix domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001561;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1535260 1535592 . - . ID=gene-SPY_001562;Name=trxA;gbkey=Gene;gene=trxA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001562 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1535260 1535592 . - 0 ID=cds-SPY_001562;Parent=gene-SPY_001562;Name=extdb:SPY_001562;Ontology_term=GO:0015035;gbkey=CDS;gene=trxA;go_function=protein-disulfide reductase activity|0015035||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_001162959.1;locus_tag=SPY_001562;product=thioredoxin;protein_id=extdb:SPY_001562;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1535655 1536155 . - . ID=gene-SPY_001563;Name=SPY_001563;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001563 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1535655 1536155 . - 0 ID=cds-SPY_001563;Parent=gene-SPY_001563;Name=extdb:SPY_001563;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017767232.1;locus_tag=SPY_001563;product=phosphatase PAP2 family protein;protein_id=extdb:SPY_001563;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1536159 1538498 . - . ID=gene-SPY_001564;Name=SPY_001564;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001564 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1536159 1538498 . - 0 ID=cds-SPY_001564;Parent=gene-SPY_001564;Name=extdb:SPY_001564;Ontology_term=GO:0006259,GO:0045910,GO:0004519,GO:0016887,GO:0030983;gbkey=CDS;go_function=endonuclease activity|0004519||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,mismatched DNA binding|0030983||IEA;go_process=DNA metabolic process|0006259||IEA,negative regulation of DNA recombination|0045910||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_017650215.1;locus_tag=SPY_001564;product=endonuclease MutS2;protein_id=extdb:SPY_001564;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1538647 1539192 . - . ID=gene-SPY_001565;Name=SPY_001565;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001565 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1538647 1539192 . - 0 ID=cds-SPY_001565;Parent=gene-SPY_001565;Name=extdb:SPY_001565;Ontology_term=GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012560935.1;locus_tag=SPY_001565;product=CvpA family protein;protein_id=extdb:SPY_001565;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1539195 1539503 . - . ID=gene-SPY_001566;Name=SPY_001566;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001566 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1539195 1539503 . - 0 ID=cds-SPY_001566;Parent=gene-SPY_001566;Name=extdb:SPY_001566;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003045196.1;locus_tag=SPY_001566;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001566;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1539660 1540562 . + . ID=gene-SPY_001567;Name=rnhC;gbkey=Gene;gene=rnhC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001567 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1539660 1540562 . + 0 ID=cds-SPY_001567;Parent=gene-SPY_001567;Name=extdb:SPY_001567;Ontology_term=GO:0006401,GO:0004523,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=rnhC;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=RNA-DNA hybrid ribonuclease activity|0004523||IEA;go_process=RNA catabolic process|0006401||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002983077.1;locus_tag=SPY_001567;product=ribonuclease HIII;protein_id=extdb:SPY_001567;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1540573 1541166 . + . ID=gene-SPY_001568;Name=lepB;gbkey=Gene;gene=lepB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001568 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1540573 1541166 . + 0 ID=cds-SPY_001568;Parent=gene-SPY_001568;Name=extdb:SPY_001568;Ontology_term=GO:0006465,GO:0009306,GO:0004252,GO:0016020;gbkey=CDS;gene=lepB;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA;go_process=signal peptide processing|0006465||IEA,protein secretion|0009306||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002983074.1;locus_tag=SPY_001568;product=signal peptidase I;protein_id=extdb:SPY_001568;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1541224 1543665 . + . 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ID=gene-SPY_001590;Name=SPY_001590;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001590 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1564890 1565633 . + 0 ID=cds-SPY_001590;Parent=gene-SPY_001590;Name=extdb:SPY_001590;Ontology_term=GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922646.1;locus_tag=SPY_001590;product=GntR family transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_001590;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1565869 1566138 . + . ID=gene-SPY_001591;Name=rpsN;gbkey=Gene;gene=rpsN;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001591 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1565869 1566138 . + 0 ID=cds-SPY_001591;Parent=gene-SPY_001591;Name=extdb:SPY_001591;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpsN;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_012560987.1;locus_tag=SPY_001591;product=30S ribosomal protein S14;protein_id=extdb:SPY_001591;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1566309 1567337 . - . ID=gene-SPY_001592;Name=tsaD;gbkey=Gene;gene=tsaD;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001592 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1566309 1567337 . - 0 ID=cds-SPY_001592;Parent=gene-SPY_001592;Name=extdb:SPY_001592;Ontology_term=GO:0002949;gbkey=CDS;gene=tsaD;go_process=tRNA threonylcarbamoyladenosine modification|0002949||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011285149.1;locus_tag=SPY_001592;product=tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD;protein_id=extdb:SPY_001592;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1567327 1567752 . - . ID=gene-SPY_001593;Name=rimI;gbkey=Gene;gene=rimI;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001593 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1567327 1567752 . - 0 ID=cds-SPY_001593;Parent=gene-SPY_001593;Name=extdb:SPY_001593;Ontology_term=GO:0036211,GO:0042254,GO:0008999;gbkey=CDS;gene=rimI;go_function=protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity|0008999||IEA;go_process=protein modification process|0036211||IEA,ribosome biogenesis|0042254||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982913.1;locus_tag=SPY_001593;product=ribosomal protein S18-alanine N-acetyltransferase;protein_id=extdb:SPY_001593;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1567754 1568452 . - . 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ID=gene-SPY_001606;Name=rpmB;gbkey=Gene;gene=rpmB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001606 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1580621 1580809 . - 0 ID=cds-SPY_001606;Parent=gene-SPY_001606;Name=extdb:SPY_001606;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0005840;gbkey=CDS;gene=rpmB;go_component=ribosome|0005840||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_008536053.1;locus_tag=SPY_001606;product=50S ribosomal protein L28;protein_id=extdb:SPY_001606;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1581191 1582072 . - . 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ID=exon-SPY_001608-1;Parent=rna-SPY_001608;anticodon=(pos:complement(1582328..1582330));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=SPY_001608;product=tRNA-Leu +NZ_LR130236.1 . gene 1582418 1583344 . - . ID=gene-SPY_001609;Name=SPY_001609;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001609 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1582418 1583344 . - 0 ID=cds-SPY_001609;Parent=gene-SPY_001609;Name=extdb:SPY_001609;Ontology_term=GO:0016787;gbkey=CDS;go_function=hydrolase activity|0016787||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002988151.1;locus_tag=SPY_001609;product=alpha/beta hydrolase;protein_id=extdb:SPY_001609;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1583512 1585116 . - . ID=gene-SPY_001610;Name=SPY_001610;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001610 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1583512 1585116 . - 0 ID=cds-SPY_001610;Parent=gene-SPY_001610;Name=extdb:SPY_001610;Ontology_term=GO:0006221,GO:0006241,GO:0003883;gbkey=CDS;go_function=CTP synthase activity|0003883||IEA;go_process=pyrimidine nucleotide biosynthetic process|0006221||IEA,CTP biosynthetic process|0006241||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982843.1;locus_tag=SPY_001610;product=CTP synthase;protein_id=extdb:SPY_001610;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1585373 1585948 . - . ID=gene-SPY_001611;Name=rpoE;gbkey=Gene;gene=rpoE;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001611 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1585373 1585948 . - 0 ID=cds-SPY_001611;Parent=gene-SPY_001611;Name=extdb:SPY_001611;Ontology_term=GO:0006351,GO:0006355,GO:0003899;gbkey=CDS;gene=rpoE;go_function=DNA-directed RNA polymerase activity|0003899||IEA;go_process=DNA-templated transcription|0006351||IEA,regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002988147.1;locus_tag=SPY_001611;product=DNA-directed RNA polymerase subunit delta;protein_id=extdb:SPY_001611;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1586165 1587448 . - . 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ID=gene-SPY_001613;Name=SPY_001613;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001613 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1587769 1588614 . + 0 ID=cds-SPY_001613;Parent=gene-SPY_001613;Name=extdb:SPY_001613;Ontology_term=GO:0055085,GO:0008381,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=mechanosensitive monoatomic ion channel activity|0008381||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982833.1;locus_tag=SPY_001613;product=mechanosensitive ion channel family protein;protein_id=extdb:SPY_001613;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1588679 1589239 . - . 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ID=gene-SPY_001616;Name=SPY_001616;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001616 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1589713 1590477 . - 0 ID=cds-SPY_001616;Parent=gene-SPY_001616;Name=extdb:SPY_001616;Ontology_term=GO:0009228,GO:0008972;gbkey=CDS;go_function=phosphomethylpyrimidine kinase activity|0008972||IEA;go_process=thiamine biosynthetic process|0009228||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009880948.1;locus_tag=SPY_001616;product=bifunctional hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase;protein_id=extdb:SPY_001616;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1590467 1591216 . - . 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ID=gene-SPY_001660;Name=SPY_001660;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001660 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1637095 1637925 . + 0 ID=cds-SPY_001660;Parent=gene-SPY_001660;Name=extdb:SPY_001660;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003677,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA,DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010921879.1;locus_tag=SPY_001660;product=MurR/RpiR family transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_001660;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1638036 1638974 . - . ID=gene-SPY_001661;Name=SPY_001661;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001661 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1638036 1638974 . - 0 ID=cds-SPY_001661;Parent=gene-SPY_001661;Name=extdb:SPY_001661;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011528232.1;locus_tag=SPY_001661;product=ROK family protein;protein_id=extdb:SPY_001661;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1638996 1639910 . - . ID=gene-SPY_001662;Name=SPY_001662;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001662 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1638996 1639910 . - 0 ID=cds-SPY_001662;Parent=gene-SPY_001662;Name=extdb:SPY_001662;Ontology_term=GO:0016829;gbkey=CDS;go_function=lyase activity|0016829||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014635271.1;locus_tag=SPY_001662;product=dihydrodipicolinate synthase family protein;protein_id=extdb:SPY_001662;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1639922 1640584 . - . ID=gene-SPY_001663;Name=SPY_001663;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001663 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1639922 1640584 . - 0 ID=cds-SPY_001663;Parent=gene-SPY_001663;Name=extdb:SPY_001663;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010921876.1;locus_tag=SPY_001663;product=DUF624 domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001663;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1640741 1641571 . - . ID=gene-SPY_001664;Name=SPY_001664;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001664 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1640741 1641571 . - 0 ID=cds-SPY_001664;Parent=gene-SPY_001664;Name=extdb:SPY_001664;Ontology_term=GO:0008643,GO:0055085;gbkey=CDS;go_process=carbohydrate transport|0008643||IEA,transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002986084.1;locus_tag=SPY_001664;product=carbohydrate ABC transporter permease;protein_id=extdb:SPY_001664;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1641584 1642471 . - . 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ID=gene-SPY_001680;Name=SPY_001680;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001680 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1656904 1657671 . - 0 ID=cds-SPY_001680;Parent=gene-SPY_001680;Name=extdb:SPY_001680;Ontology_term=GO:0008033,GO:0008616,GO:0046872,GO:0051539,GO:0052693;gbkey=CDS;go_function=metal ion binding|0046872||IEA,4 iron%2C 4 sulfur cluster binding|0051539||IEA,epoxyqueuosine reductase activity|0052693||IEA;go_process=tRNA processing|0008033||IEA,queuosine biosynthetic process|0008616||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002986113.1;locus_tag=SPY_001680;product=epoxyqueuosine reductase QueH;protein_id=extdb:SPY_001680;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1657789 1659573 . - . ID=gene-SPY_001681;Name=SPY_001681;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001681 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1657789 1659573 . - 0 ID=cds-SPY_001681;Parent=gene-SPY_001681;Name=extdb:SPY_001681;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359,GO:0055052;gbkey=CDS;go_component=ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011054157.1;locus_tag=SPY_001681;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=extdb:SPY_001681;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1659576 1661282 . - . ID=gene-SPY_001682;Name=SPY_001682;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001682 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1659576 1661282 . - 0 ID=cds-SPY_001682;Parent=gene-SPY_001682;Name=extdb:SPY_001682;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887,GO:0042626,GO:0140359,GO:0055052;gbkey=CDS;go_component=ATP-binding cassette (ABC) transporter complex%2C substrate-binding subunit-containing|0055052||IEA;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA,ATPase-coupled transmembrane transporter activity|0042626||IEA,ABC-type transporter activity|0140359||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011888575.1;locus_tag=SPY_001682;product=ABC transporter ATP-binding protein;protein_id=extdb:SPY_001682;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1661275 1661724 . - . ID=gene-SPY_001683;Name=SPY_001683;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001683 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1661275 1661724 . - 0 ID=cds-SPY_001683;Parent=gene-SPY_001683;Name=extdb:SPY_001683;Ontology_term=GO:0006355,GO:0003700;gbkey=CDS;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002986120.1;locus_tag=SPY_001683;product=MarR family winged helix-turn-helix transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_001683;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1662022 1663038 . + . ID=gene-SPY_001684;Name=SPY_001684;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001684 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1662022 1663038 . + 0 ID=cds-SPY_001684;Parent=gene-SPY_001684;Name=extdb:SPY_001684;Ontology_term=GO:0046168,GO:0047952,GO:0051287,GO:0009331;gbkey=CDS;go_component=glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex|0009331||IEA;go_function=glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity|0047952||IEA,NAD binding|0051287||IEA;go_process=glycerol-3-phosphate catabolic process|0046168||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011184140.1;locus_tag=SPY_001684;product=NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase;protein_id=extdb:SPY_001684;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1663071 1663970 . + . ID=gene-SPY_001685;Name=galU;gbkey=Gene;gene=galU;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001685 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1663071 1663970 . + 0 ID=cds-SPY_001685;Parent=gene-SPY_001685;Name=extdb:SPY_001685;Ontology_term=GO:0006011,GO:0003983;gbkey=CDS;gene=galU;go_function=UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity|0003983||IEA;go_process=UDP-alpha-D-glucose metabolic process|0006011||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002986125.1;locus_tag=SPY_001685;product=UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU;protein_id=extdb:SPY_001685;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1664069 1664740 . - . ID=gene-SPY_001686;Name=SPY_001686;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001686 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1664069 1664740 . - 0 ID=cds-SPY_001686;Parent=gene-SPY_001686;Name=extdb:SPY_001686;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004252,GO:0008270,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA,zinc ion binding|0008270||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011284482.1;locus_tag=SPY_001686;product=rhomboid family intramembrane serine protease;protein_id=extdb:SPY_001686;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1665065 1666198 . - . 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ID=gene-SPY_001698;Name=SPY_001698;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001698 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1681798 1682451 . - 0 ID=cds-SPY_001698;Parent=gene-SPY_001698;Name=extdb:SPY_001698;Ontology_term=GO:0000160,GO:0006355,GO:0000156,GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=phosphorelay response regulator activity|0000156||IEA,DNA binding|0003677||IEA;go_process=phosphorelay signal transduction system|0000160||IEA,regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003059317.1;locus_tag=SPY_001698;product=response regulator transcription factor;protein_id=extdb:SPY_001698;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1682545 1683762 . - . 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ID=gene-SPY_001701;Name=SPY_001701;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001701 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1684436 1685704 . - 0 ID=cds-SPY_001701;Parent=gene-SPY_001701;Name=extdb:SPY_001701;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0042802,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA,identical protein binding|0042802||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982445.1;locus_tag=SPY_001701;product=efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit;protein_id=extdb:SPY_001701;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1686127 1686411 . - . ID=gene-SPY_001702;Name=SPY_001702;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001702 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1686127 1686411 . - 0 ID=cds-SPY_001702;Parent=gene-SPY_001702;Name=extdb:SPY_001702;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982442.1;locus_tag=SPY_001702;product=ABC transporter;protein_id=extdb:SPY_001702;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1686558 1686854 . - . ID=gene-SPY_001703;Name=SPY_001703;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001703 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1686558 1686854 . - 0 ID=cds-SPY_001703;Parent=gene-SPY_001703;Name=extdb:SPY_001703;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982439.1;locus_tag=SPY_001703;product=DUF4298 domain-containing protein;protein_id=extdb:SPY_001703;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1687098 1687334 . + . ID=gene-SPY_001704;Name=SPY_001704;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001704 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1687098 1687334 . + 0 ID=cds-SPY_001704;Parent=gene-SPY_001704;Name=extdb:SPY_001704;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002991249.1;locus_tag=SPY_001704;product=hypothetical protein;protein_id=extdb:SPY_001704;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1687610 1688539 . - . ID=gene-SPY_001705;Name=prsA;gbkey=Gene;gene=prsA;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001705 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1687610 1688539 . - 0 ID=cds-SPY_001705;Parent=gene-SPY_001705;Name=extdb:SPY_001705;gbkey=CDS;gene=prsA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002991251.1;locus_tag=SPY_001705;product=peptidylprolyl isomerase PrsA;protein_id=extdb:SPY_001705;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1689019 1689324 . - . ID=gene-SPY_001706;Name=SPY_001706;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001706 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1689019 1689324 . - 0 ID=cds-SPY_001706;Parent=gene-SPY_001706;Name=extdb:SPY_001706;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982424.1;locus_tag=SPY_001706;product=Spi family protease inhibitor;protein_id=extdb:SPY_001706;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1689326 1690522 . - . ID=gene-SPY_001707;Name=speB;gbkey=Gene;gene=speB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001707 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1689326 1690522 . - 0 ID=cds-SPY_001707;Parent=gene-SPY_001707;Name=extdb:SPY_001707;gbkey=CDS;gene=speB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922720.1;locus_tag=SPY_001707;product=cysteine proteinase exotoxin SpeB;protein_id=extdb:SPY_001707;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1691462 1692304 . + . ID=gene-SPY_001708;Name=ropB;gbkey=Gene;gene=ropB;gene_biotype=protein_coding;gene_synonym=rgg1;locus_tag=SPY_001708 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1691462 1692304 . + 0 ID=cds-SPY_001708;Parent=gene-SPY_001708;Name=extdb:SPY_001708;Note=RopB (Regulator of Protease B) is a paralog of the quorum-sensing transcriptional regulators Rgg2 and Rgg3%2C which bind short%2C hydrophobic peptides encoded by genes in their respective vicinities. RopB binds the leaderless short peptide SIP (SpeB-inducing peptide)%2C with sequence MWLLLLFL.;gbkey=CDS;gene=ropB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982409.1;locus_tag=SPY_001708;product=quorum-sensing system transcriptional regulator RopB/Rgg1;protein_id=extdb:SPY_001708;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1692545 1693360 . - . ID=gene-SPY_001709;Name=sdaB;gbkey=Gene;gene=sdaB;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001709 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1692545 1693360 . - 0 ID=cds-SPY_001709;Parent=gene-SPY_001709;Name=extdb:SPY_001709;gbkey=CDS;gene=sdaB;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011055059.1;locus_tag=SPY_001709;product=streptodornase B;protein_id=extdb:SPY_001709;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1693724 1694233 . + . ID=gene-SPY_001710;Name=SPY_001710;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001710 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1693724 1694233 . + 0 ID=cds-SPY_001710;Parent=gene-SPY_001710;Name=extdb:SPY_001710;Ontology_term=GO:0006644,GO:0042578,GO:0046872;gbkey=CDS;go_function=phosphoric ester hydrolase activity|0042578||IEA,metal ion binding|0046872||IEA;go_process=phospholipid metabolic process|0006644||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002992095.1;locus_tag=SPY_001710;product=phosphatidylglycerophosphatase A family protein;protein_id=extdb:SPY_001710;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1694315 1695403 . - . ID=gene-SPY_001711;Name=SPY_001711;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001711 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1694315 1695403 . - 0 ID=cds-SPY_001711;Parent=gene-SPY_001711;Name=extdb:SPY_001711;Ontology_term=GO:0008270,GO:0008888,GO:0030554;gbkey=CDS;go_function=zinc ion binding|0008270||IEA,glycerol dehydrogenase (NAD+) activity|0008888||IEA,adenyl nucleotide binding|0030554||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982378.1;locus_tag=SPY_001711;product=glycerol dehydrogenase;protein_id=extdb:SPY_001711;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1695460 1696128 . - . ID=gene-SPY_001712;Name=SPY_001712;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001712 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1695460 1696128 . - 0 ID=cds-SPY_001712;Parent=gene-SPY_001712;Name=extdb:SPY_001712;Ontology_term=GO:0005975,GO:0016832;gbkey=CDS;go_function=aldehyde-lyase activity|0016832||IEA;go_process=carbohydrate metabolic process|0005975||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_009880865.1;locus_tag=SPY_001712;product=fructose-6-phosphate aldolase;protein_id=extdb:SPY_001712;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1696141 1698558 . - . ID=gene-SPY_001713;Name=SPY_001713;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001713 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1696141 1698558 . - 0 ID=cds-SPY_001713;Parent=gene-SPY_001713;Name=extdb:SPY_001713;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003059593.1;locus_tag=SPY_001713;product=glycyl radical protein;protein_id=extdb:SPY_001713;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1698768 1700072 . - . 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ID=gene-SPY_001715;Name=SPY_001715;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001715 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1700082 1700390 . - 0 ID=cds-SPY_001715;Parent=gene-SPY_001715;Name=extdb:SPY_001715;Ontology_term=GO:0008643,GO:0009401,GO:0008982;gbkey=CDS;go_function=protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity|0008982||IEA;go_process=carbohydrate transport|0008643||IEA,phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system|0009401||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002991271.1;locus_tag=SPY_001715;product=PTS sugar transporter subunit IIB;protein_id=extdb:SPY_001715;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1700418 1700738 . - . 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ID=gene-SPY_001727;Name=SPY_001727;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001727 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1710603 1712099 . + 0 ID=cds-SPY_001727;Parent=gene-SPY_001727;Name=extdb:SPY_001727;Ontology_term=GO:0006508,GO:0016805;gbkey=CDS;go_function=dipeptidase activity|0016805||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011889202.1;locus_tag=SPY_001727;product=C69 family dipeptidase;protein_id=extdb:SPY_001727;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . pseudogene 1712423 1712774 . + . 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ID=gene-SPY_001732;Name=SPY_001732;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001732 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1715437 1717881 . - 0 ID=cds-SPY_001732;Parent=gene-SPY_001732;Name=extdb:SPY_001732;Ontology_term=GO:0005524,GO:0016887;gbkey=CDS;go_function=ATP binding|0005524||IEA,ATP hydrolysis activity|0016887||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011185037.1;locus_tag=SPY_001732;product=ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit;protein_id=extdb:SPY_001732;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1717881 1718342 . - . ID=gene-SPY_001733;Name=SPY_001733;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001733 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1717881 1718342 . - 0 ID=cds-SPY_001733;Parent=gene-SPY_001733;Name=extdb:SPY_001733;gbkey=CDS;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003085318.1;locus_tag=SPY_001733;product=CtsR family transcriptional regulator;protein_id=extdb:SPY_001733;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1718538 1718741 . - . ID=gene-SPY_001734;Name=SPY_001734;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001734 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1718538 1718741 . - 0 ID=cds-SPY_001734;Parent=gene-SPY_001734;Name=extdb:SPY_001734;Ontology_term=GO:0003676;gbkey=CDS;go_function=nucleic acid binding|0003676||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002991299.1;locus_tag=SPY_001734;product=cold-shock protein;protein_id=extdb:SPY_001734;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1719261 1719331 . - . ID=gene-SPY_001735;Name=SPY_001735;gbkey=Gene;gene_biotype=tRNA;locus_tag=SPY_001735 +NZ_LR130236.1 tRNAscan-SE tRNA 1719261 1719331 . - . ID=rna-SPY_001735;Parent=gene-SPY_001735;anticodon=(pos:complement(1719297..1719299));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=SPY_001735;product=tRNA-Cys +NZ_LR130236.1 tRNAscan-SE exon 1719261 1719331 . - . ID=exon-SPY_001735-1;Parent=rna-SPY_001735;anticodon=(pos:complement(1719297..1719299));gbkey=tRNA;inference=COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:2.0.12;locus_tag=SPY_001735;product=tRNA-Cys +NZ_LR130236.1 . gene 1719737 1720297 . + . ID=gene-SPY_001736;Name=ahpC;gbkey=Gene;gene=ahpC;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001736 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1719737 1720297 . + 0 ID=cds-SPY_001736;Parent=gene-SPY_001736;Name=extdb:SPY_001736;Ontology_term=GO:0006979,GO:0102039;gbkey=CDS;gene=ahpC;go_function=NADH-dependent peroxiredoxin activity|0102039||IEA;go_process=response to oxidative stress|0006979||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002273221.1;locus_tag=SPY_001736;product=alkyl hydroperoxide reductase subunit C;protein_id=extdb:SPY_001736;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1720318 1721850 . + . 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ID=gene-SPY_001771;Name=SPY_001771;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001771 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1760814 1762034 . - 0 ID=cds-SPY_001771;Parent=gene-SPY_001771;Name=extdb:SPY_001771;Ontology_term=GO:0055085,GO:0022857,GO:0016020;gbkey=CDS;go_component=membrane|0016020||IEA;go_function=transmembrane transporter activity|0022857||IEA;go_process=transmembrane transport|0055085||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_010922756.1;locus_tag=SPY_001771;product=MDR family MFS transporter;protein_id=extdb:SPY_001771;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1762045 1764027 . - . 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ID=gene-SPY_001775;Name=argR;gbkey=Gene;gene=argR;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001775 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1767047 1767484 . - 0 ID=cds-SPY_001775;Parent=gene-SPY_001775;Name=extdb:SPY_001775;Ontology_term=GO:0006355,GO:0006525,GO:0003700;gbkey=CDS;gene=argR;go_function=DNA-binding transcription factor activity|0003700||IEA;go_process=regulation of DNA-templated transcription|0006355||IEA,arginine metabolic process|0006525||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002982171.1;locus_tag=SPY_001775;product=arginine repressor;protein_id=extdb:SPY_001775;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1767775 1769466 . + . 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ID=gene-SPY_001781;Name=aspS;gbkey=Gene;gene=aspS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001781 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1772636 1774384 . - 0 ID=cds-SPY_001781;Parent=gene-SPY_001781;Name=extdb:SPY_001781;Ontology_term=GO:0006418,GO:0000166,GO:0004812,GO:0005524,GO:0016874;gbkey=CDS;gene=aspS;go_function=nucleotide binding|0000166||IEA,aminoacyl-tRNA ligase activity|0004812||IEA,ATP binding|0005524||IEA,ligase activity|0016874||IEA;go_process=tRNA aminoacylation for protein translation|0006418||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_003061903.1;locus_tag=SPY_001781;product=aspartate--tRNA ligase;protein_id=extdb:SPY_001781;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1774722 1776002 . - . ID=gene-SPY_001782;Name=hisS;gbkey=Gene;gene=hisS;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001782 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1774722 1776002 . - 0 ID=cds-SPY_001782;Parent=gene-SPY_001782;Name=extdb:SPY_001782;Ontology_term=GO:0006427,GO:0004821,GO:0005524,GO:0005737;gbkey=CDS;gene=hisS;go_component=cytoplasm|0005737||IEA;go_function=histidine-tRNA ligase activity|0004821||IEA,ATP binding|0005524||IEA;go_process=histidyl-tRNA aminoacylation|0006427||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_011889242.1;locus_tag=SPY_001782;product=histidine--tRNA ligase;protein_id=extdb:SPY_001782;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1776222 1776404 . + . ID=gene-SPY_001783;Name=rpmF;gbkey=Gene;gene=rpmF;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001783 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1776222 1776404 . + 0 ID=cds-SPY_001783;Parent=gene-SPY_001783;Name=extdb:SPY_001783;Ontology_term=GO:0006412,GO:0003735,GO:0015934;gbkey=CDS;gene=rpmF;go_component=large ribosomal subunit|0015934||IEA;go_function=structural constituent of ribosome|0003735||IEA;go_process=translation|0006412||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_018380522.1;locus_tag=SPY_001783;product=50S ribosomal protein L32;protein_id=extdb:SPY_001783;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1776420 1776569 . + . 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ID=gene-SPY_001834;Name=rlmH;gbkey=Gene;gene=rlmH;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001834 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1826827 1827306 . - 0 ID=cds-SPY_001834;Parent=gene-SPY_001834;Name=extdb:SPY_001834;Ontology_term=GO:0006364,GO:0008168;gbkey=CDS;gene=rlmH;go_function=methyltransferase activity|0008168||IEA;go_process=rRNA processing|0006364||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_002991465.1;locus_tag=SPY_001834;product=23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;protein_id=extdb:SPY_001834;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1827518 1828741 . + . ID=gene-SPY_001835;Name=SPY_001835;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001835 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1827518 1828741 . + 0 ID=cds-SPY_001835;Parent=gene-SPY_001835;Name=extdb:SPY_001835;Ontology_term=GO:0006508,GO:0004252,GO:0005515;gbkey=CDS;go_function=serine-type endopeptidase activity|0004252||IEA,protein binding|0005515||IEA;go_process=proteolysis|0006508||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014407986.1;locus_tag=SPY_001835;product=S1C family serine protease;protein_id=extdb:SPY_001835;transl_table=11 +NZ_LR130236.1 . gene 1828830 1829606 . + . ID=gene-SPY_001836;Name=SPY_001836;gbkey=Gene;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=SPY_001836 +NZ_LR130236.1 Protein Homology CDS 1828830 1829606 . + 0 ID=cds-SPY_001836;Parent=gene-SPY_001836;Name=extdb:SPY_001836;Ontology_term=GO:0003677;gbkey=CDS;go_function=DNA binding|0003677||IEA;inference=COORDINATES: similar to AA sequence:RefSeq:WP_014407987.1;locus_tag=SPY_001836;product=ParB/RepB/Spo0J family partition protein;protein_id=extdb:SPY_001836;transl_table=11 diff --git a/README.md b/README.md index 7cc520d..63afa8a 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -117,4 +117,8 @@ snakemake --cores 2 --sdm conda apptainer --directory .test > Tonkin-Hill G, MacAlasdair N, Ruis C, Weimann A, Horesh G, Lees JA, Gladstone RA, Lo S, Beaudoin C, Floto RA, Frost SDW, Corander J, Bentley SD, Parkhill J. _Producing polished prokaryotic pangenomes with the Panaroo pipeline_. Genome Biol. 21(1):180, **2020**. PMID: 32698896. https://doi.org/10.1186/s13059-020-02090-4. -> Köster, J., Mölder, F., Jablonski, K. P., Letcher, B., Hall, M. B., Tomkins-Tinch, C. H., Sochat, V., Forster, J., Lee, S., Twardziok, S. O., Kanitz, A., Wilm, A., Holtgrewe, M., Rahmann, S., & Nahnsen, S. _Sustainable data analysis with Snakemake_. F1000Research, 10:33, 10, 33, **2021**. https://doi.org/10.12688/f1000research.29032.2. +> Köster J., Mölder F., Jablonski K. P., Letcher B., Hall M. B., Tomkins-Tinch C. H., Sochat V., Forster J., Lee S., Twardziok S. O., Kanitz A., Wilm A., Holtgrewe M., Rahmann S., & Nahnsen S. _Sustainable data analysis with Snakemake_. F1000Research, 10:33, 10, 33, **2021**. https://doi.org/10.12688/f1000research.29032.2. + +> Coombe L, Kazemi P, Wong J, Birol I, Warren RL. _ntSynt: multi-genome synteny detection using minimizer graph mappings_. BMC Biology. 23:367, **2025**. https://doi.org/10.1186/s12915-025-02455-w + +> Coombe L, Warren RL, Birol I. _ntSynt-viz: Visualizing synteny patterns across multiple genomes_. bioRxiv 2025.01.15.633221. https://doi.org/10.1101/2025.01.15.633221 \ No newline at end of file diff --git a/config/config.yml b/config/config.yml index 2287ae7..eb4a738 100644 --- a/config/config.yml +++ b/config/config.yml @@ -4,6 +4,7 @@ tool: ["prokka"] reference: fasta: "" gff: "" + name: "" pgap: bin: "path/to/pgap.py" @@ -34,6 +35,18 @@ fastani: skip: False extra: "" +checkm: + skip: True + existing_db: "" + extra: "" + rgi: skip: False extra: "--clean --alignment_tool DIAMOND" + +synteny: + skip: False + divergence: 1 + extra: "" + viz_scale: "1e6" + viz_extra: "--normalize" diff --git a/config/schemas/config.schema.yml b/config/schemas/config.schema.yml index d333dab..9014c40 100644 --- a/config/schemas/config.schema.yml +++ b/config/schemas/config.schema.yml @@ -30,6 +30,10 @@ properties: type: string description: Path to the reference annotation in GFF format (optional) default: "" + name: + type: string + description: Name of the reference genome (used in synteny visualization) + default: "Ref Genome" required: - fasta pgap: @@ -122,6 +126,8 @@ properties: type: string description: Extra command-line arguments for Panaroo default: "--clean-mode strict --remove-invalid-genes" + required: + - extra fastani: type: object properties: @@ -133,6 +139,26 @@ properties: type: string description: Extra command-line arguments for FastANI default: "" + required: + - extra + checkm: + type: object + properties: + skip: + type: boolean + description: Whether to skip CheckM analysis + default: true + existing_db: + type: string + description: Path to an existing CheckM database (optional) + default: "" + extra: + type: string + description: Extra command-line arguments for CheckM + default: "" + required: + - existing_db + - extra rgi: type: object properties: @@ -144,6 +170,36 @@ properties: type: string description: Extra command-line arguments for RGI default: "--clean --alignment_tool DIAMOND" + required: + - extra + synteny: + type: object + properties: + skip: + type: boolean + description: Whether to skip synteny analysis + default: false + divergence: + type: number + description: Maximum divergence range between genomes for synteny analysis + default: 1 + extra: + type: string + description: Extra command-line arguments for synteny analysis + default: "" + viz_scale: + type: string + description: Scale for synteny visualization (e.g., "1e6") + default: "1e6" + viz_extra: + type: string + description: Extra command-line arguments for synteny visualization + default: "--normalize" + required: + - divergence + - extra + - viz_extra + - viz_scale required: - samplesheet - tool @@ -154,4 +210,6 @@ required: - quast - panaroo - fastani + - checkm - rgi + - synteny diff --git a/resources/images/dag.svg b/resources/images/dag.svg index 344f877..686e596 100644 --- a/resources/images/dag.svg +++ b/resources/images/dag.svg @@ -4,154 +4,172 @@ - - + + snakemake_dag - + 0 - -all + +all 1 - -quast + +annotate_prokka 1->0 - - + + 2 - -annotate_prokka + +annotate_pgap - - -2->1 - - - - - -9 - -prepare_panaroo - - - -2->9 - - + + +2->0 + + 3 - -get_fasta + +prepare_yaml_files - + 3->2 - - + + + + + +4 + +get_pgap_fasta + + + +4->3 + + 5 - -prepare_yaml_files + +annotate_bakta - - -3->5 - - + + +5->0 + + 6 - -annotate_bakta + +get_bakta_db - + -3->6 - - - - - -4 - -annotate_pgap - - - -4->1 - - - - - -4->9 - - - - - -5->4 - - - - - -6->1 - - - - - -6->9 - - +6->5 + + 7 - -get_bakta_db + +quast - - -7->6 - - + + +7->0 + + 8 - -panaroo + +checkm - + 8->0 - - + + + + + +9 + +get_ceckm_db 9->8 - - + + + + + +10 + +rgi_detection + + + +10->0 + + + + + +11 + +viz_synteny + + + +11->0 + + + + + +12 + +synteny_detection + + + +12->11 + + + + + +13 + +prepare_names + + + +13->11 + + diff --git a/workflow/envs/bakta.yml b/workflow/envs/bakta.yml index bd2d4d2..f802e3b 100644 --- a/workflow/envs/bakta.yml +++ b/workflow/envs/bakta.yml @@ -4,4 +4,4 @@ channels: - bioconda - nodefaults dependencies: - - bakta=1.11.4 + - bakta=1.12 diff --git a/workflow/envs/checkm.yml b/workflow/envs/checkm.yml new file mode 100644 index 0000000..2bf4894 --- /dev/null +++ b/workflow/envs/checkm.yml @@ -0,0 +1,7 @@ +name: checkm +channels: + - conda-forge + - bioconda + - nodefaults +dependencies: + - checkm2 diff --git a/workflow/envs/ntsynt.yml b/workflow/envs/ntsynt.yml new file mode 100644 index 0000000..7c3e9db --- /dev/null +++ b/workflow/envs/ntsynt.yml @@ -0,0 +1,8 @@ +name: ntsynt +channels: + - conda-forge + - bioconda + - nodefaults +dependencies: + - ntsynt=1.0.5 + - ntsynt-viz=1.0.4 diff --git a/workflow/rules/annotate.smk b/workflow/rules/annotate.smk index e52b7f7..49bcf7d 100644 --- a/workflow/rules/annotate.smk +++ b/workflow/rules/annotate.smk @@ -1,4 +1,4 @@ -rule get_fasta: +rule get_pgap_fasta: input: get_fasta, output: @@ -15,7 +15,7 @@ rule get_fasta: rule prepare_yaml_files: input: - fasta=rules.get_fasta.output.fasta, + fasta=rules.get_pgap_fasta.output.fasta, output: input_yaml="results/annotation/pgap/prepare_files/{sample}/input.yaml", submol_yaml="results/annotation/pgap/prepare_files/{sample}/submol.yaml", @@ -39,7 +39,7 @@ rule annotate_pgap: branch( lookup(dpath="pgap/use_yaml_config", within=config), then=rules.prepare_yaml_files.output.input_yaml, - otherwise=rules.get_fasta.output.fasta, + otherwise=rules.get_pgap_fasta.output.fasta, ), output: gff="results/annotation/pgap/{sample}/{sample}.gff", @@ -78,7 +78,7 @@ rule annotate_pgap: rule annotate_prokka: input: - fasta=rules.get_fasta.output.fasta, + fasta=get_fasta, output: gff="results/annotation/prokka/{sample}/{sample}.gff", fasta="results/annotation/prokka/{sample}/{sample}.fna", @@ -142,7 +142,7 @@ rule get_bakta_db: else echo 'Using Bakta DB from supplied input dir: {params.existing_db}' > {log}; ln -s {params.existing_db} {output.db}; - echo 'Update ARMFinderPlus DB using supplied input dir: {params.existing_db}' >> {log}; + echo 'Update AMRFinderPlus DB using supplied input dir: {params.existing_db}' >> {log}; amrfinder_update --force_update --database {params.existing_db}/amrfinderplus-db &>> {log} fi """ @@ -150,7 +150,7 @@ rule get_bakta_db: rule annotate_bakta: input: - fasta=rules.get_fasta.output.fasta, + fasta=get_fasta, db=rules.get_bakta_db.output.db, output: gff="results/annotation/bakta/{sample}/{sample}.gff", diff --git a/workflow/rules/common.smk b/workflow/rules/common.smk index 167dd89..1ff0a7e 100644 --- a/workflow/rules/common.smk +++ b/workflow/rules/common.smk @@ -1,4 +1,6 @@ # import basic packages +import glob +import os import pandas as pd import re from snakemake import logging @@ -32,6 +34,14 @@ def get_all_fasta(wildcards): return [samples.loc[s, "file"] for s in samples.index] +def get_fasta_ntsynt(wildcards): + """Get the fasta file for ntSynt, including reference if provided.""" + fastas = get_all_fasta(wildcards) + if config["reference"]["fasta"]: + fastas.append(config["reference"]["fasta"]) + return fastas + + def get_panaroo_gff(wildcards): return expand( "results/qc/panaroo/{tool}/prepare/{sample}.gff", @@ -69,12 +79,23 @@ def get_final_input(wildcards): inputs += expand( "results/qc/fastani/summary.txt", ) + if not config["checkm"]["skip"]: + inputs += expand( + "results/qc/checkm/predicted/quality_report.tsv", + ) if not config["rgi"]["skip"]: inputs += expand( "results/qc/rgi/{sample}/result.{ext}", sample=samples.index, ext=["txt", "json"], ) + if not config["synteny"]["skip"]: + if len(samples.index) > 1 or ( + len(samples.index) == 1 and config["reference"]["fasta"] != "" + ): + inputs += expand( + "results/qc/genome_synteny/ntSynt-viz_ribbon-plot.pdf", + ) return inputs diff --git a/workflow/rules/qc.smk b/workflow/rules/qc.smk index daf902f..9c4843d 100644 --- a/workflow/rules/qc.smk +++ b/workflow/rules/qc.smk @@ -36,6 +36,61 @@ rule quast: """ +rule get_ceckm_db: + output: + db="results/qc/checkm/database/uniref100.KO.1.dmnd", + log: + "results/qc/checkm/logs/db.log", + conda: + "../envs/checkm.yml" + params: + existing_db=config["checkm"]["existing_db"], + outdir=lambda wc, output: os.path.dirname(output[0]), + message: + """--- Getting CheckM database ---""" + shell: + """ + if [ -n "{params.existing_db}" ]; then + echo 'Using supplied CheckM DB from: {params.existing_db}' > {log}; + ln -s {params.existing_db} {output.db}; + else + echo "The most recent checkM DB will be downloaded..." > {log}; + checkm2 database --download --path {params.outdir} &>> {log}; + ln -s {params.outdir}/CheckM2_database/uniref100.KO.1.dmnd {output.db}; + fi; + """ + + +rule checkm: + input: + fasta=get_all_fasta, + db=rules.get_ceckm_db.output.db, + output: + tsv="results/qc/checkm/predicted/quality_report.tsv", + log: + "results/qc/checkm/logs/checkm.log", + conda: + "../envs/checkm.yml" + threads: max(workflow.cores * 0.5, 1) + params: + outdir=lambda wc, output: os.path.dirname(output.tsv), + extra=config["checkm"]["extra"], + message: + """--- Running CheckM to assess genome completeness and contamination ---""" + shell: + """ + checkm2 predict \ + --threads {threads} \ + --input {input.fasta} \ + --database_path {input.db} \ + --output-directory {params.outdir} \ + --force \ + {params.extra} \ + &> {log}; + rm -f {params.outdir}/checkm2.log + """ + + rule fastani: input: fasta=get_all_fasta, @@ -128,7 +183,7 @@ rule panaroo: rule rgi_detection: input: - fasta=rules.get_fasta.output.fasta, + fasta=get_fasta, output: multiext("results/qc/rgi/{sample}/result", ".txt", ".json"), log: @@ -141,3 +196,112 @@ rule rgi_detection: """--- Running RGI to detect antibiotic resistance genes ---""" wrapper: "https://raw.githubusercontent.com/MPUSP/mpusp-snakemake-wrappers/refs/heads/main/rgi" + + +rule synteny_detection: + input: + fastas=get_fasta_ntsynt, + output: + tsv="results/qc/genome_synteny/ntSynt.synteny_blocks.tsv", + fai=directory("results/qc/genome_synteny/fai"), + log: + "results/qc/genome_synteny/logs/ntsynt.log", + conda: + "../envs/ntsynt.yml" + threads: workflow.cores + params: + outdir=lambda wc, output: os.path.dirname(output.tsv), + divergence=config["synteny"]["divergence"], + extra=config["synteny"]["extra"], + message: + """--- Running ntSynt for multi-genome macrosynteny synteny detection ---""" + shell: + """ + ntSynt {input.fastas} \ + -d {params.divergence} \ + -t {threads} \ + --force \ + --prefix ntSynt \ + {params.extra} \ + > {log} 2>&1; + echo "Synteny detection completed. Moving results to output directory." >> {log}; + rsync ./ntSynt.* {params.outdir}/; + echo "Create fai output directory." >> {log}; + mkdir -p {output.fai}; + rsync ./*.fai {output.fai}/; + echo "Remove intermediate files." >> {log}; + rm -f ./*.fai ./*.tsv ./*.bf ./*.dot + """ + + +rule prepare_names: + output: + "results/qc/genome_synteny/ntsynt-viz_name_conversion.tsv", + log: + "results/qc/genome_synteny/logs/prepare_ntsynt-viz_names.log", + conda: + "../envs/base.yml" + threads: 1 + params: + sample_sheet=config["samplesheet"], + ref=( + (config["reference"]["fasta"], config["reference"]["name"]) + if config["reference"]["fasta"] + else [] + ), + message: + """--- Preparing name mapping file for ntSynt visualization ---""" + script: + "../scripts/prepare_names.py" + + +rule viz_synteny: + input: + blocks=rules.synteny_detection.output.tsv, + fai=rules.synteny_detection.output.fai, + names=rules.prepare_names.output, + output: + pdf="results/qc/genome_synteny/ntSynt-viz_ribbon-plot.pdf", + log: + "results/qc/genome_synteny/logs/ntsynt-viz.log", + conda: + "../envs/ntsynt.yml" + threads: 1 + params: + outdir=lambda wc, output: os.path.dirname(output.pdf), + fais=lambda wc, input: " ".join(glob.glob(os.path.join(input.fai, "*.fai"))), + scale=config["synteny"]["viz_scale"], + ref_fasta=( + [ + "--target-genome", + config["reference"]["name"].replace("_", "-").replace(" ", "_"), + ] + if config["reference"]["fasta"] and config["reference"]["name"] + else ( + ["--target-genome", config["reference"]["fasta"]] + if config["reference"]["fasta"] + else [] + ) + ), + extra=config["synteny"]["viz_extra"], + message: + """--- Running ntSynt-viz to generate multi-genome ribbon plots ---""" + shell: + """ + ntsynt_viz.py \ + --blocks {input.blocks} \ + --fais {params.fais} \ + --name_conversion {input.names} \ + {params.ref_fasta} \ + --scale {params.scale} \ + --format pdf \ + --prefix ntSynt-viz \ + {params.extra} \ + > {log} 2>&1; + echo "Synteny-viz completed. Moving results to output directory." >> {log}; + rsync ./ntSynt.* {params.outdir}/; + rsync ./ntSynt-viz.* {params.outdir}/; + rsync ./ntSynt-viz_* {params.outdir}/; + echo "Clean intermediate files." >> {log}; + rm -f ./ntSynt-viz.*.tsv ./ntSynt-viz_* ./ntSynt.*.tsv; + """ diff --git a/workflow/scripts/prepare_names.py b/workflow/scripts/prepare_names.py new file mode 100644 index 0000000..303cb83 --- /dev/null +++ b/workflow/scripts/prepare_names.py @@ -0,0 +1,42 @@ +# PREPARE NTSYNT-VIZ NAME MAPPING +# ----------------------------------------------------------------------------- +# +# This script maps sample names to the names to be used in +# ntSynt-viz. + +import os +import sys +import pandas as pd + +sys.stderr = open(snakemake.log[0], "w", buffering=1) +sample_sheet = snakemake.params["sample_sheet"] +outfile = snakemake.output[0] +ref = snakemake.params["ref"] + +# read sample sheet +try: + df_samples = pd.read_csv(sample_sheet) + sys.stderr.write(f"Read sample sheet from {snakemake.params['sample_sheet']}\n") +except Exception as e: + sys.stderr.write( + f"Error reading sample sheet from {snakemake.params['sample_sheet']}: {e}\n" + ) + +df_samples["file"] = df_samples["file"].apply(lambda x: os.path.basename(x)) + +# add reference if provided +if ref: + ref_file, ref_name = ref + df_ref = pd.DataFrame({"file": [os.path.basename(ref_file)], "sample": [ref_name] if ref_name else [os.path.basename(ref_file)]}) + df_samples = pd.concat([df_samples, df_ref], ignore_index=True) + +# ntSynt mutates "_" to " " +df_samples["sample"] = df_samples["sample"].apply(lambda x: x.replace("_", "-").replace(" ", "_")) + +try: + df_samples[["file", "sample"]].to_csv(outfile, sep="\t", index=False, header=False) + sys.stderr.write(f"Wrote ntSynt-viz sample name mapping to {outfile}\n") +except Exception as e: + sys.stderr.write( + f"Error writing ntSynt-viz sample name mapping to {outfile}: {e}\n" + )